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(無題) 削除/引用 No.3266-2 - 2010/09/26 (日) 22:37:00 - Actias ヒストン修飾の評価は、むちゃくちゃ難しいです。 ヒストンだけに、 １．ある領域にヒストンがどのくらい在るのか ２．そのうちどのくらいが修飾されているのか これらを分けて考えなければいけません。 ＞referenceとしてpanH3抗体で落としてきたDNAをNormalizeに使用する これは、２に応える実験ですね。 １は、Input DNAでNormalizeしてpanH3抗体で落とすのでしょうか。 Nuclease hypersensitive siteアッセイもありますが、定量性は乏しいです。 そもそも、PCR したDNAを落っことした原因となるヒストンが、PCRで注目した領域とどういう位置関係にあるのか、特定するのは難しそうです。 サンプル間のソニックの程度の差（どのくらいの長さのDNA断片になったか）が、データに影響しますから。 ソニックでなく、酵素でモノヌクレオソームにして、ショ糖勾配か何かでヌクレオソームを精製してから使っている論文を見たことがあります。 厳密にやるとすると、そうなりますね。 ぼくの腕前では無理そうなので、ヒストン修飾のChIpはあきらめます。

ヒストンH3 ChIp assayのNormalize (Input, IgG, panH3) 削除/引用 No.3266-1 - 2010/09/26 (日) 21:13:26 - あかね 異なる細胞（あるいは異なるゲノム領域）のH3K4me3のChIp assayを行いQPCRで評価しようと思っています。通常, 特異的抗体で落としていたChIp DNAをInput DNAやnormal IgG等で補正してすることによって、修飾の度合いを評価すると思います。 Histone修飾のChIp assayの場合は、Normalizeに使うDNAとしては以下のうちのどれがベストだと思いますか？ちなみにクロスリンクしてソニケーションで断片化したクロマチンを使用しています。 01 pan Histone H3 (Histone H3 c terminus) 02 Input DNA 03 normal IgG 個人的にはヒストンH3修飾のChIpの場合には, referenceとしてpanH3抗体で落としてきたDNAをNormalizeに使用するのが一番妥当な値が得られると考えているのですが、論文を読みあさると、どうもInput DNAでNormalizeしているケースが多いような印象を受けているので、皆さんのご意見をお聞かせ下さい。

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