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(無題) 削除/引用 No.3230-4 - 2010/09/19 (日) 04:57:01 - おお http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/docs/cdd_how_to_domain_architecture.html モチーフがデーターベース上で認識されているのならこっちの方が便利かも。グラフィックにドメインの位置が見れますから、ｃ末に近いところにあるというのがわかりやすいです。

(無題) 削除/引用 No.3230-3 - 2010/09/19 (日) 03:45:55 - おお >C末端にあるモチーフ１をもち、さらにこれ以外の場所にモチーフ２を持つようなタンパク質を探すようなこともできると助かります。 How about PHI-BLAST (Pattern Hit Initiated BLAST)? http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&BLAST_PROGRAMS=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&SHOW_DEFAULTS=on&LINK_LOC=blasthome

(無題) 削除/引用 No.3230-2 - 2010/09/19 (日) 01:10:28 - Ｔ blast 自体にそのような機能はありません。 通常は例えば blast search → その中でＣ末20アミノ酸にヒットしたものを選び出して表示 というような操作を自動化するスクリプトを組みますが、 > 自分でプログラムを書いたりはまったく経験がないため、そのような方法は私や私の周辺の方には無理だと考えています。 ということなら、一つずつ手動で見ていくしかないでしょう。

条件つきのBLAST検索 削除/引用 No.3230-1 - 2010/09/18 (土) 20:09:54 - ブラスター いつも参考にしております。 NCBIやDDBJのBLAST検索を利用して、例えばC末端側２０残基以内に、あるモチーフを持つタンパク質を探すにはどうしたら良いでしょうか。 また、C末端にあるモチーフ１をもち、さらにこれ以外の場所にモチーフ２を持つようなタンパク質を探すようなこともできると助かります。 NCBIのウェブサイトの説明を探しましたが、私には見つけられませんでした。ここに説明が書いてある、等の情報でも構いませんのでどなたか教えてください。例えばPubmedの検索で[Author]と入れると著者名で検索がかかるような、方法があったら助かります。 自分でプログラムを書いたりはまったく経験がないため、そのような方法は私や私の周辺の方には無理だと考えています。

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