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DNA抽出(CTAB法)の際の塩 トピック削除
No.3225-TOPIC - 2010/09/17 (金) 23:10:34 - robin
DNA抽出でCTAB法を2回繰り返そうと考えています。

溶菌液にNaCl(0.7 M)、CTABを加える
→クロロホルム抽出
→上清を新しいチューブに移してCTAB加える
→クロロホルム抽出

ここで、2回目のCTABを加える際に、あらためて塩を加える必要があるのでしょうか?
念のために2回目でも塩を加えるとした場合、高すぎる塩濃度(1.4 M)が悪影響を及ぼす可能性はあるのでしょうか?

塩濃度は0.7Mに調整、0.5 M以下となるとCTABは核酸と複合体を形成してしまう、ということを本で読みました。
CTAB法の原理をきちんと調べる、または自分で試してみるのが筋ですが、もしご存知の方がいたらと思い、ここで質問させて頂きました。

アドバイス等頂けたら幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.3225-4 - 2010/09/26 (日) 19:23:57 - robin
>Actias様、わかちこ様
返答有難うございます。
また、返事が遅くなってしまい申し訳ありません。

CTAB法を2回繰り返す方法は、結局、行わないこととしました。

これまでCTAB法を用いたDNA抽出を行っていたのですが、アルコール沈殿の際のペレットが異常に大きい、アガロースゲル泳動でウェルに引っかかったような泳動パターンになる、といったことから、多量の不純物が混入していると判断しました。それが多糖類ではないかと考え、CTAB法を2回繰り返すことでより効果的な除去を試みようと考えておりました。
そこで試しに既に抽出したDNA溶液に対してCTAB法を行いましたが、全く改善が見られなかったため、諦めることとしました。ちなみに、カラム精製もほとんど効果なしでした。

それとは別に、CTAB法の原理に関してですが、身近にあった本や文献では、塩濃度が高い時は多糖類やタンパクと、塩濃度が低いときは核酸と複合体を形成する、という記述で留まっていたため、なぜ複合体を形成するのか、塩濃度の影響の理由、塩は複合体に一部取り込まれるのかどうか、といったことに関してはまだ調べきれておりません。

せっかくですのでもう少し調べてみようと思います。
もし原理が分かったら、ここで報告することで解決済みとしようと思います。

(無題) 削除/引用
No.3225-3 - 2010/09/21 (火) 19:34:50 - わかちこ
2回目のCTAB溶液を加えるときに0.7MのNaClを含むCTAB溶液を加えて下さい。
そうすれば塩濃度が低下したり、過剰に濃くなったりはせず、常に上清が0.7Mに保てるはずです。DNAもうまく抽出できるはずです。

(無題) 削除/引用
No.3225-2 - 2010/09/18 (土) 21:06:58 - Actias
1.原理を自分で調べて、学んでください。
2.塩濃度を保つにはどうするかを考えて、実行してください。
1と2は、二者択一では有りません。

DNA抽出(CTAB法)の際の塩 削除/引用
No.3225-1 - 2010/09/17 (金) 23:10:34 - robin
DNA抽出でCTAB法を2回繰り返そうと考えています。

溶菌液にNaCl(0.7 M)、CTABを加える
→クロロホルム抽出
→上清を新しいチューブに移してCTAB加える
→クロロホルム抽出

ここで、2回目のCTABを加える際に、あらためて塩を加える必要があるのでしょうか?
念のために2回目でも塩を加えるとした場合、高すぎる塩濃度(1.4 M)が悪影響を及ぼす可能性はあるのでしょうか?

塩濃度は0.7Mに調整、0.5 M以下となるとCTABは核酸と複合体を形成してしまう、ということを本で読みました。
CTAB法の原理をきちんと調べる、または自分で試してみるのが筋ですが、もしご存知の方がいたらと思い、ここで質問させて頂きました。

アドバイス等頂けたら幸いです。

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