全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.3217-4 - 2010/09/18 (土) 12:01:19 - おお 流れ的には、よい悪いはおいておいて一般的だとおもいます。 無責任な発現ですが最近はヒストンのメチレーションとかの状態もマップされていたりするので、そう言うのも重ね合わせていくと面白い情報が得られるかもしれないと思いました。

ありがとうございます 削除/引用 No.3217-3 - 2010/09/18 (土) 11:46:24 - DIN ありがとうございます。 PEDB、初めて知りました。�@と�Bの手間が大きく省けます・・・。便利ですね！ あと、結合領域の絞込みの流れそのものは、こんな感じでよいのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.3217-2 - 2010/09/17 (金) 22:03:00 - Actias 使ったことが無いので、無責任だけど、 http://promoter.cdb.riken.jp/ って、どうですか？

転写因子の結合領域の絞込み 削除/引用 No.3217-1 - 2010/09/17 (金) 07:24:25 - DIN 　よろしくお願いします。転写調節に関する勉強をしております。 　マウスで転写因子Aが遺伝子Bのプロモーターに結合することをChIPやlucアッセイで証明する時、結合領域の絞込みの過程はどのようにするのが良いのでしょうか？　一般化が難しいものとは思いますが、あくまで皆様のご経験をお聞きできればありがたいです。 　自分で調べてみた限りでは・・・ 　�@遺伝子Bの-2kbpから+0.5kbp程度のゲノム配列をデータベースで抽出 　�Aその中の転写因子Aのコンセンサス（既知とします）配列を検索 　�Bラット、ヒトなど別の種で�@�Aを繰り返して検索し、全種アラインメントにかけて保存されている領域を優先的に採用 といった感じでいいのでしょうか？ 　�@はNCBI gene/genome、�AはTRANSFAC、�BはClustalWやJalViewなどのデータベースがあるようですが、他にも良いソフトなどありますでしょうか？ 　教えて頂ければありがたいです。 　よろしくお願いします。

全4件 ( 1 〜 4 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

---