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ウェスタンのリプローブ トピック削除
No.3161-TOPIC - 2010/09/07 (火) 14:29:04 - 初心者
ウェスタンブロットが上手く行かなくて困っています。
なぜか一度目のECL検出後にリプローブしないとバンドらしくならないのです。

初代培養細胞(目的蛋白のポジコンとして用いられる細胞です)の蛋白をRIPA bufferで溶出後、4x sample buffer(10% SDS)を加えて95℃, 5min boilし、15% polyacrylamid gelで泳動します。1レーンあたりの蛋白量は15μgです。
転写はセミドライ方式で行い、メンブレンはPVDFを使用しています。
ブロッキングには5% BSA、washにはTween-TBSを使用しています。

このメンブレンでβ-actin(mouse IgG)を検出すると、特に問題はなさそうに見えます。バックも出ず、シャープなバンドが得られます。
検出にはECL Plusを用いています。

しかし、上記と同様の手順で得られた別のメンブレンで目的蛋白(goat IgG)を検出しようとすると、メンブレン全体がボーっと白くぼやけたような写真になってしまいます。ぼやけた中にラダー状の濃淡があり、無数のバンドのように見えます。

抗体の動物種が異なる場合はリプローブの際に最初の抗体をはがさなくても良いとのことなので、β-acrinのバンドが確認できた方のメンブレンをT-TBSで洗浄し、ECLの蛍光が無くなったことを確認した上で、今度は目的蛋白を検出しようとしました。再ブロッキングはせず、リプローブの手順は一次抗体反応からです。
すると、非特異バンドも多いものの以前のようにぼやけたりせず、シャープなバンドが得られました。その後、同じ方法で抗体の希釈倍率や露光時間を調整することでそこそこ綺麗な写真になりました。

でも、目的蛋白はこのようなリプローブの時にしか検出できないのです。これは最初の検出がβ-actinでなくても同様です(普通はやりませんが、一度目に目的蛋白を検出しようとしてやはり全体が光ってしまったメンブレンを、もう一度洗って再度目的の抗体で処理してみました。するとバンドが得られました)。とにかく何かを一度検出して、そのメンブレンをTween-TBSで洗って、ECLの蛍光が失われたのを確認してから目的の一次抗体・二次抗体を処理しないといけないのです。そうしないと、メンブレン全体がボーっと光ってしまいます。

これはどうしてなのでしょうか。
目的蛋白の抗体は複数持っています(goat)。目的蛋白のリン酸化を検出する抗体もあります(goat)。二次抗体もたまたま古いものと新しいものとがありそれぞれメーカーも異なりますが、どの組み合わせを使っても一度目はぼやけます。
どうかご指導よろしくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.3161-26 - 2010/10/01 (金) 03:56:23 - おお
バックグランドは解決したようですね。
抗体がノンスペを拾っているのがまだ解決してないようです。

安易で贅沢な解決方法はIPではないでしょうか?
リン酸かにかかわらず認識する抗体でIPして、
リン酸かフォームを検出するとか。

あとありうる解決方法は2次抗体が原因のようなので、
2次抗体の溶液をメンブレンにかける前に少量のライセートを加えて、ノンスペ
原因の抗体を中和してしまうという手もあります。理論的にはできるはずですが、テクニカルには試行錯誤が必要かもしれません。私も知っているだけでやったことはなかったと思います。

その前に抗体の濃度を下げれるだけ下げて、ひとくいが落ちないか見てみるのがさきかなぁ。

経過報告 削除/引用
No.3161-25 - 2010/09/29 (水) 14:34:15 - 初心者
皆様のご教示を元に色々試したところ、抗体の特異性はともかく、1回目の検出でもメンブレン全体が白く光って訳がわからない…ということはなくなりました。
変更した点は以下の通りです。

 ブロッキング剤をBSAからスキムミルク(トータル目的蛋白)とPVP(リン酸化目的蛋白)にした。
 T-TBSで希釈していた一次抗体と二次抗体を、ブロッキング剤で希釈するようにした。
 二次抗体反応前にもう一度ブロッキングした。
 静置30分だった二次抗体反応を、震盪1時間とした。
 すべての行程で洗いの時間を長くし(5分4回→15分1回後に5分4回)、ローテーターのスピードをほぼ倍にした(3→6.5)。

また、「メンブレン全体が白く光る→一次抗体由来」「ラダー状の非特異→二次抗体由来」ということもわかってきました。それらは抗体をブロッキング剤で希釈することでかなり改善され、トータル目的蛋白の方はバックや非特異はほとんど出なくなりました。
リン酸化目的蛋白に関しては、まだ目的バンドが出たことがありません。薬剤でリン酸化を誘発した細胞の他に、データシートにあるポジコンと全く同じ動物種・同じ組織を用意しましたが、これまでのところは二次抗体由来のラダー状の非特異ばかりです。

(無題) 削除/引用
No.3161-24 - 2010/09/09 (木) 14:24:32 - 初心者
おお様、ご教示ありがとうございます。

> ブロッキング剤のIgGの微量混入がバックの原因とお考えであれば、異種IgGの吸収がかなりちゃんとやられているものを使うとよくなるかもしれません。
> ケミコン(いまはミリポア)がほぼ考えられる異種IgGすべてで吸収した二次抗体をうっています。10種類ぐらいの異種IgGを使ってたとおもいます。

ありがとうございます。具体的にメーカーまで教えていただけるとは本当に助かります。
Skim milkもスーパーで売っている安価なものを使っているのですが、先輩にお勧めのメーカーを教えてもらって以来、良い結果が出ています。

> でもなるべくブロッキング剤でその可能性が低いものを選ぶ方が気持ちいいですけどね。

以前おお様に教えていただいたPVPを少量注文してもらいました。

(無題) 削除/引用
No.3161-23 - 2010/09/09 (木) 14:18:54 - 初心者
ATGC様、ご教示ありがとうございます。

> ミリポアのイムビロンーPのブロッキング省略法はたしかにバックがきれい。抗体のもよるのかもしれないけど、洗いも短いし、取りあえず楽して良い結果がでるところがいい。特別変わった手技はないと思う。完全に乾燥させる事が重要で、湿っぽいところが残っているとまずいらしい。

完全に乾燥させるよう気をつけます。

> 抗goat IgG 2nd 抗体はスキムミルクでもかなりバック高かった。フィルムでやったけど、10秒くらい当てても、バーッとバックがでてくる感じ。高感度検出だとたぶん間違いなく真っ黒。gout 抗体のときはたしか2nd にanti-sheep IgGを使うとバックはある程度までは改善されたはず。

以前別の蛋白を検出した時、フィルムだったのですがまさにそんな感じで、goatにはあまり良い印象がありません。sheepが良いというのはどこかで聞いたことがありますが、財政難だとわかっているので自分だけ抗体買ってとはなかなか言えないのです。いつか使うことがあるかもしれないので覚えておきます。

(無題) 削除/引用
No.3161-22 - 2010/09/09 (木) 13:56:26 - 初心者
AP様、ご教示ありがとうございます。

> プロッキング剤を変えてみるというのには賛成です。同じBSAでもグレード、メーカーを変えるというのも有効かと思います。ゼラチンというアイデアも良いと思いますが、これもやはりウシ由来だと思うのでどうでしょうか?
> 一番確実かと思うのは、anti-goat Ig抗体の由来生物の正常血清です(ヒツジで作った抗体ならヒツジ血清のように)。

二次抗体と同種の血清は免染用のものがあるのですが、今回は少量のPVPを注文してもらいました。

(無題) 削除/引用
No.3161-21 - 2010/09/09 (木) 13:54:03 - 初心者
AP様、ご教示ありがとうございます。

> ブロッキング効果のためというより、抗体のように微量のタンパク質は希釈によって変性しやすくなったり、器具などにほとんど無制限に吸着して失活してしまうからで、それを防ぐためにブロッキング剤のようなキャリアタンパク質が有効だからだと理解しています。

ということは、これまでの一次抗体は使い物にならない状態にあった可能性があるのですね。今後は抗体をブロッキング液で希釈しようと思います。

> いやPVDFの場合、基本的に乾かしてしまってはいけないという理解でよいのです(NCの場合は、乾かして固定効果を得る方法もある)。milliporeが提案しているPVDFのブロットを乾かす方法は、メンブレンの好みやそれなりの特殊な手技(たとえば、メンブレンを抗体液に浸すのではなく、ブロット面を下にして表面張力で浮かべるとか)がありますので、プロトコールを良く読んで理解してからにしましょう。

はい、プロトコルを良く読んで勉強します。
メンブレンは、初めてウェスタンを教わった時からブロット面を下にしています(またはハイブリバッグ)。抗体の節約のためで、一般的ではないと聞いています。24ウェルプレートや96ウェルプレートの蓋の平らな面にパラフィルムを伸ばして全体を覆い、その上に抗体液を乗せ、ブロット面が下になるようにメンブレンを被せる方法です。免染用のモイスチャーチャンバーに入れて反応させます。

(無題) 削除/引用
No.3161-20 - 2010/09/09 (木) 06:58:08 - おお
ミリポアの乾燥させる方法は比較的新しい方法です。一般的ではないので、知らなくてもおかしくないと思います。

ブロッキング剤のIgGの微量混入がバックの原因とお考えであれば、異種IgGの吸収がかなりちゃんとやられているものを使うとよくなるかもしれません。
ケミコン(いまはミリポア)がほぼ考えられる異種IgGすべてで吸収した二次抗体をうっています。10種類ぐらいの異種IgGを使ってたとおもいます。

でもなるべくブロッキング剤でその可能性が低いものを選ぶ方が気持ちいいですけどね。

(無題) 削除/引用
No.3161-19 - 2010/09/08 (水) 22:44:14 - ATGC
ミリポアのイムビロンーPのブロッキング省略法はたしかにバックがきれい。抗体のもよるのかもしれないけど、洗いも短いし、取りあえず楽して良い結果がでるところがいい。特別変わった手技はないと思う。完全に乾燥させる事が重要で、湿っぽいところが残っているとまずいらしい。

抗goat IgG 2nd 抗体はスキムミルクでもかなりバック高かった。フィルムでやったけど、10秒くらい当てても、バーッとバックがでてくる感じ。高感度検出だとたぶん間違いなく真っ黒。gout 抗体のときはたしか2nd にanti-sheep IgGを使うとバックはある程度までは改善されたはず。

(無題) 削除/引用
No.3161-18 - 2010/09/08 (水) 17:02:16 - AP
投稿が交錯しましたが、先の投稿は前々からの流れで気になったポイントについて補足しました。

プロッキング剤を変えてみるというのには賛成です。同じBSAでもグレード、メーカーを変えるというのも有効かと思います。ゼラチンというアイデアも良いと思いますが、これもやはりウシ由来だと思うのでどうでしょうか?
一番確実かと思うのは、anti-goat Ig抗体の由来生物の正常血清です(ヒツジで作った抗体ならヒツジ血清のように)。

(無題) 削除/引用
No.3161-17 - 2010/09/08 (水) 16:51:43 - AP
一次抗体、二次抗体をブロッキング液で希釈するのはごくごく普通の習いです。
ブロッキング効果のためというより、抗体のように微量のタンパク質は希釈によって変性しやすくなったり、器具などにほとんど無制限に吸着して失活してしまうからで、それを防ぐためにブロッキング剤のようなキャリアタンパク質が有効だからだと理解しています。

>ぼやけた中にラダー状の濃淡があり、無数のバンドのように見えます。
これは、先に述べたような理由からBSAでブロッキングされたところが光って、バンドはサンプル中のタンパク質がブロットされていることで、BSAの吸着からブロッキングされて光らないからでしょう。


>恥ずかしながらメンブレンを乾燥させても使えるということ自体、最近知りました。羊◯社の実験ノートに「メンブレンが乾かないように注意する」とあったので、これまではメンブレンが乾かないよう注意してきました。ブロッキング前に思い切って乾燥させてみます。

いやPVDFの場合、基本的に乾かしてしまってはいけないという理解でよいのです(NCの場合は、乾かして固定効果を得る方法もある)。milliporeが提案しているPVDFのブロットを乾かす方法は、メンブレンの好みやそれなりの特殊な手技(たとえば、メンブレンを抗体液に浸すのではなく、ブロット面を下にして表面張力で浮かべるとか)がありますので、プロトコールを良く読んで理解してからにしましょう。

(無題) 削除/引用
No.3161-16 - 2010/09/08 (水) 16:44:38 - 初心者
AP様、ご教示ありがとうございます。

> ブランドやグレードにもよるでしょうが、BSAやmilkは、Ig(つまりbovine Ig)が含まれていることがあって、これにanti-goat Igやanti-sheep Ig抗体が交差反応をおこすことがあるそうです。偶蹄目同士で近いからでしょう。

これまでBSAを第一選択にしておきながら、anti-goatがBSAにクロスすることがあるとは知りませんでした。

> ブロッキングに用いたBSAによってこれが起こってメンブレン全体が光ってしまったのではないでしょうか。再プローブだとマシなのは、最初につかった抗体がブロッキング剤として働いたとか、発光反応のときの過酸化水素か何かでIgの抗原性が弱まったとかではないでしょうか。

なるほど、そう言われてみると、BSAの濃度を変えてもメンブレンの蛍光を緩和できず、ブロッキング効果がないように見えるのも当然かもしれません。また、はじめにβ-actinを検出する一次抗体・二次抗体の濃度が低い時はリプローブしてもメンブレンが若干白く光ってしまったことも思い当たります。
ブロッキング後、何も抗体を乗せていない状態で敢えてECL処理をしてみたこともありますが、それを洗浄してリプローブした時はやはりメンブレンが白く光ってしまいました。

(無題) 削除/引用
No.3161-15 - 2010/09/08 (水) 16:28:26 - 初心者
おお様、ご教示ありがとうございます。

>[Re:13] おおさんは書きました :
> >抗体をブロッキング液で希釈するという話(今はTween-TBSで希釈しています)を聞いたことがあるのですが、そういった方法でもシグナルを弱めることができるのでしょうか。
>
> わたしはそうしてます。
> ニトロセルロースでは若干バックがきれいになるのを経験してます。比べたのはECLの時代だったので、、、ECLplusになって感度が上がったので場合によってはもっと差が出るかもしれません。

ありがとうございます。試してみます。T-TBSに希釈するのとブロッキング液で希釈するのとでは、抗体の最適濃度も変わってきそうですね。
聞いた話ですと、場合によっては二次抗体もブロッキング液で希釈するそうですね。

> PVDFにトランスファーのあと乾かしてしまうと、蛋白が結合していない部分は水を弾くので抗体もアクセスできず、バックがさげれるという解説があったと思います。
> 一度乾燥させて一応ブロッキングし
> (解説にはブロッキングも必要ないとかいている)一次抗体をオーバーナイトで処理してたら徐々に膜に浸透してきて、普段やっているのと同じ状況になってしまいました。短時間(一日で検出までやる)だったらいいのかもしれません.

恥ずかしながらメンブレンを乾燥させても使えるということ自体、最近知りました。羊◯社の実験ノートに「メンブレンが乾かないように注意する」とあったので、これまではメンブレンが乾かないよう注意してきました。ブロッキング前に思い切って乾燥させてみます。

(無題) 削除/引用
No.3161-14 - 2010/09/08 (水) 16:13:44 - 初心者
おお様、ご教示ありがとうございます。

> リン酸かが絡むとブロッキングの選択が狭まりますね。。。ちょと具体的にどれがだめだったか覚えてませんが、、、

Skim milkはカゼインを含むのでリン酸化の検出にはよくないという記述があったので念のために避けているのですが、BSAが最適とも思えなくなってきました。リン酸化蛋白ではなくトータル目的蛋白の検出の際に比較したことがあるのですが、BSAは5%まで濃度を上げても2% skim milk + 0.25% BSAよりもブロッキング効果が低いのです。メンブレンが白く光るし、ラダー状の非特異も、より鮮明になっていました。

> 結構厳しい条件になりがちですが、PVP(polyvinylpyrrolidone)をつかうというのもあります。0.1-0.5%、他の蛋白性ブロッキング剤と併用で0.05-0.2%くらいでもかなりバックを押さえられます。バンドも弱くなりがちなのでパーフェクトとは言い難いですが、非蛋白性なのでリン酸かという点では安心かとおもいます。そのほかの重合ポリマー(PEG)みたいなもの)も使われたりすることがあるようですが、ウェブ出たまたま見たていどです。PVPは非蛋白性なので、ターゲットがよくわからないautoantigenをウエスタン後にシグナルが得られた場所からマスに持っていくと言うのに余計なシグナルを拾わないので、そう言う解析で使われたことがあるようです。

ありがとうございます。非蛋白性のブロッキング剤は何度か考えたのですが、結局入手していませんでした。試してみたいと思います。

> 普通めったにやらないですが、ある抗体のプロダクトシートをみると塩濃度が高いものを勧めてたりphをいじったりしているのをまれに見かけます。

データシートには、特にそういった記述はありませんでした。pHまで振るとなると、確かにパラメーターが大きくなってしまいますね。

> 15ugは第一選択としてはベストだとおもいます。
> 周りのレーン以外に出るバックグランドが解決するまではその量でいいと思います。
> その次にレーン上のひとくいが気になるのであればもっと下げるてはあると思います。バックがでないで、検出がぎりぎりとおもえるなら(特に厳しいブロッキング剤を勧めてますので)あげるほうと下げる方両方考慮されるといいとおもいます。下げるとバンドがシャープになり検出感度が上がることがあります。

ありがとうございます。問題が解決したら、そちらも検討していきます。

(無題) 削除/引用
No.3161-13 - 2010/09/08 (水) 16:13:43 - おお
>抗体をブロッキング液で希釈するという話(今はTween-TBSで希釈しています)を聞いたことがあるのですが、そういった方法でもシグナルを弱めることができるのでしょうか。

わたしはそうしてます。
ニトロセルロースでは若干バックがきれいになるのを経験してます。比べたのはECLの時代だったので、、、ECLplusになって感度が上がったので場合によってはもっと差が出るかもしれません。

ところでミリポアのホームページでウエスタンの解説がかなり細かくありますが、PVDFにトランスファーのあと乾かしてしまうと、蛋白が結合していない部分は水を弾くので抗体もアクセスできず、バックがさげれるという解説があったと思います。
一度乾燥させて一応ブロッキングし
(解説にはブロッキングも必要ないとかいている)一次抗体をオーバーナイトで処理してたら徐々に膜に浸透してきて、普段やっているのと同じ状況になってしまいました。短時間(一日で検出までやる)だったらいいのかもしれません.

(無題) 削除/引用
No.3161-12 - 2010/09/08 (水) 15:49:36 - 初心者
中年様、ご教示ありがとうございます。

> 最初はシグナルが強すぎて訳が分からないパターンになっているのでは。基質の枯渇も加わってますます解釈が難しくなりそうです。それに対してリプローブすると適度にシグナルが弱くなってバンドがしっかり見えるということはないでしょうか。

同じことを考え、二回分の作業を想定して徹底的にメンブレンを洗浄してみたり、ロードする蛋白量を減らしたりしてみましたが、それだけでは改善されませんでした。
抗体をブロッキング液で希釈するという話(今はTween-TBSで希釈しています)を聞いたことがあるのですが、そういった方法でもシグナルを弱めることができるのでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.3161-11 - 2010/09/08 (水) 11:27:32 - AP
ブランドやグレードにもよるでしょうが、BSAやmilkは、Ig(つまりbovine Ig)が含まれていることがあって、これにanti-goat Igやanti-sheep Ig抗体が交差反応をおこすことがあるそうです。偶蹄目同士で近いからでしょう。
たとえば、ここの記載をご覧ください。
ttp://www.jacksonimmuno.com/Catalog/newOld.asp

ブロッキングに用いたBSAによってこれが起こってメンブレン全体が光ってしまったのではないでしょうか。再プローブだとマシなのは、最初につかった抗体がブロッキング剤として働いたとか、発光反応のときの過酸化水素か何かでIgの抗原性が弱まったとかではないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.3161-10 - 2010/09/07 (火) 18:21:24 - おお
ポラロイドはきれいに写らないので、フィルムでやりたいところだと思うのですが、、、膜をポラロイドにコンタクトし、検出するやつですよね、、、


ポラロイドだとたしかにエンハンスはないですね。

(無題) 削除/引用
No.3161-9 - 2010/09/07 (火) 18:16:31 - おお
リン酸かが絡むとブロッキングの選択が狭まりますね。。。ちょと具体的にどれがだめだったか覚えてませんが、、、
結構厳しい条件になりがちですが、PVP(polyvinylpyrrolidone)をつかうというのもあります。0.1-0.5%、他の蛋白性ブロッキング剤と併用で0.05-0.2%くらいでもかなりバックを押さえられます。バンドも弱くなりがちなのでパーフェクトとは言い難いですが、非蛋白性なのでリン酸かという点では安心かとおもいます。そのほかの重合ポリマー(PEG)みたいなもの)も使われたりすることがあるようですが、ウェブ出たまたま見たていどです。PVPは非蛋白性なので、ターゲットがよくわからないautoantigenをウエスタン後にシグナルが得られた場所からマスに持っていくと言うのに余計なシグナルを拾わないので、そう言う解析で使われたことがあるようです。

NP-40もけっこうシグナルを弱めますがバックがでては検出ができませんので、、、

>どちらの手段も知りませんでした。これまでは抗体濃度やブロッキング条件を変えていくだけでした。試してみたいと思います。

普通めったにやらないですが、ある抗体のプロダクトシートをみると塩濃度が高いものを勧めてたりphをいじったりしているのをまれに見かけます。

そういうえばどっかにまれにしかやらないが、場合によってはいい条件が見つかるっってかいてたなぁ、、、結局条件をいじるパラメーターが大きくなりすぎるのでよほどのことがない限りやらないのでしょうね。この抗体にこのバッファーとか結構めんどくさいですから。


>筋細胞・収縮蛋白ということで、β-actin以上に絶対的な感覚でいたのですが、15μgは少なかったでしょうか。

15ugは第一選択としてはベストだとおもいます。
周りのレーン以外に出るバックグランドが解決するまではその量でいいと思います。
その次にレーン上のひとくいが気になるのであればもっと下げるてはあると思います。バックがでないで、検出がぎりぎりとおもえるなら(特に厳しいブロッキング剤を勧めてますので)あげるほうと下げる方両方考慮されるといいとおもいます。下げるとバンドがシャープになり検出感度が上がることがあります。

(無題) 削除/引用
No.3161-8 - 2010/09/07 (火) 18:15:02 - 中年
最初はシグナルが強すぎて訳が分からないパターンになっているのでは。基質の枯渇も加わってますます解釈が難しくなりそうです。それに対してリプローブすると適度にシグナルが弱くなってバンドがしっかり見えるということはないでしょうか。

CCDではなく 削除/引用
No.3161-7 - 2010/09/07 (火) 17:42:24 - 初心者
おお様

> カメラでとっているなら、検出感度がオートで調整されていて、得られた最大の光の強さを、ディスプレイ上のマキシマムにもってきてしまうためバックグランドがエンハンスされている可能性があるような気がします。
>
> そういう機械的な処理がない状態で実際のバックがどの程度か把握しないと問題点がどこにあるのか探りにくいかもしれませんよ
>

先ほどCCDカメラと書いてしまいましたが、ポラロイドの間違いです。失礼しました。
自分でシャッターを開け閉めする原始的なものです。エンハンスされていない状態で、短時間でバックが出ます。

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