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FACS実験におけるデータの信憑性 トピック削除
No.3160-TOPIC - 2010/09/07 (火) 14:10:27 - statistics
いつも拝見しております。
早速ですが、FACSの実験におけるデータの信憑性についてお尋ねしたいことがあります。
細胞に様々な濃度の薬剤を添加する実験系で、薬剤にさらされた細胞表面分子や細胞内サイトカインをFACSで見る際は、
今まで2回の実験(triplicateではない)行い、傾向を見てから、
5回実験し、統計解析(平均値と標準偏差、TTESTを求めたり)しました。

ところが、1回の実験でtriplicateして実験していないため、
1回の実験手技のばらつき(SD)が計測されていませんし、
実験の日を変えて計5回しか出来ていません。

論文に投稿する際は、triplicateせず5回しか実験していないときは
Fig.でデータを5つのうち1つ示す、あるいは平均値を出し、
このような傾向があります。と説明する方法をとれるのでしょうか。
さすがに5回実験し、統計解析(平均値と標準偏差、TTESTを求めたり)を載せると信憑性はないといわれるのでしょうか。
しかし、薬剤添加による実験群や測定する細胞表面分子、サイトカインも多いうえ、triplicateで計3回やると抗体がものすごく高くなり、
実験個数も増えます。

@有意差をもつかどうかの統計解析を行い、論文に掲載するなら
　1回の実験をtriplicate(最悪duplicate)で計3回やって、
　統計解析を行わなければならないのでしょうか。

A皆さんはどのように工夫して、実験されていますか。
　
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(無題) 削除/引用
No.3160-3 - 2010/09/08 (水) 12:55:44 - み
異なる日に得た結果で（今回は5回でしょうか）毎回同じような差があることが大事ですよね。
この部分は問題なく言えるのでしょうか？
本来はこの5回の結果に関するエラーバーを示して有意差があるかどうかを見たいですが、
実験の種類・性質上、日が違えば誤差が大きくなってしまう場合は、他の示し方になるでしょうか。

質問者さんが言われているように同じ日にtriplicate（あるいはそれ以上）で行ってエラーバーを付けてデータを示し、figure legendにtriplicateで得た代表的結果を記載したが独立した5回の実験で同様の結果を得ている旨を記載するとか。
(注意しないといけないのは、同じ日にやった実験では手技的誤差が全くない精密機械のような人が行った場合、100対99の差でも数をある程度取っておけば有意差ありと判定されるでしょう。なので最初に言ったいわゆる再現性が取れていてその差が他の実験データ・現象の説明に有意なのかを見極めないといけないでしょうか）。

現状で最も楽をしようとすると、今ある5回のうちの１つをエラーバーなしで代表例として示し、fig legendに独立5回の実験で再現性ありと記載ですかね。

他にも良いアイデアあるかもですが。

(無題) 削除/引用
No.3160-2 - 2010/09/08 (水) 11:57:37 - mom-a
>さすがに5回実験し、統計解析(平均値と標準偏差、TTESTを求めたり)を載せると信憑性はないといわれるのでしょうか。

どのような解析をされているのかわからないので、あくまでも一般論です。

５回実験したデータの「実験間誤差」の中には、「日内誤差」（と呼ぶのが正しいかどうかわかりませんが）も含まれているはずです。日内誤差よりも日間誤差の方が理論的には大きくなります。つまり、実験手技のばらつきが大きければ5回の実験間データのばらつきも大きくなります。データが安定しにくい可能性がありますが、それよりも平均値の差が大きいと統計的に判定されれば、その判定自体の信憑性が疑われることはないだろう、と思います。ただし、ばらつきが大きい場合は「差がない」のか「差が検出できない」のか、という点には注意を払う必要があります。

ということで、あくまでも私の意見です（異論があるかもしれません）が、

>@有意差をもつかどうかの統計解析を行い、論文に掲載するなら
>　1回の実験をtriplicate(最悪duplicate)で計3回やって、
>　統計解析を行わなければならないのでしょうか。

そういうことではなく、行った実験に対して適切な解析方法がとられているかどうか、ということだと思います。例えtriplicateで計3回行っても解析方法が不適切であったら台なしです。

>A皆さんはどのように工夫して、実験されていますか。

FACSの実験をしていないので、他の方にお任せします。

FACS実験におけるデータの信憑性 削除/引用
No.3160-1 - 2010/09/07 (火) 14:10:27 - statistics
いつも拝見しております。
早速ですが、FACSの実験におけるデータの信憑性についてお尋ねしたいことがあります。
細胞に様々な濃度の薬剤を添加する実験系で、薬剤にさらされた細胞表面分子や細胞内サイトカインをFACSで見る際は、
今まで2回の実験(triplicateではない)行い、傾向を見てから、
5回実験し、統計解析(平均値と標準偏差、TTESTを求めたり)しました。

ところが、1回の実験でtriplicateして実験していないため、
1回の実験手技のばらつき(SD)が計測されていませんし、
実験の日を変えて計5回しか出来ていません。

論文に投稿する際は、triplicateせず5回しか実験していないときは
Fig.でデータを5つのうち1つ示す、あるいは平均値を出し、
このような傾向があります。と説明する方法をとれるのでしょうか。
さすがに5回実験し、統計解析(平均値と標準偏差、TTESTを求めたり)を載せると信憑性はないといわれるのでしょうか。
しかし、薬剤添加による実験群や測定する細胞表面分子、サイトカインも多いうえ、triplicateで計3回やると抗体がものすごく高くなり、
実験個数も増えます。

@有意差をもつかどうかの統計解析を行い、論文に掲載するなら
　1回の実験をtriplicate(最悪duplicate)で計3回やって、
　統計解析を行わなければならないのでしょうか。

A皆さんはどのように工夫して、実験されていますか。
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