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腸内細菌の同定
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No.3151-TOPIC - 2010/09/06 (月) 04:21:14 - じん
ノックアウトマウスの研究をしています
腸内細菌への影響を調べたいんですが
この場合マウスの糞を調べればいいんでしょうか?
糞には食べ物中のdnaはコンタミしていないんでしょうか?
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No.3151-6 - 2010/09/07 (火) 17:59:17 -
TS
DNAのコンタミを気にしているようですので、一般的にはとりあえず、DGGEとかT-RFLPあたりを検討しているのではないでしょうか?
16s rRNAなどを対象にするのだと思うのですが。微生物に特異的なプライマーを使うのではないですか?
あまり食事由来のDNAのコンタミを心配することはないと思うのですが。
(無題)
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No.3151-5 - 2010/09/07 (火) 17:35:41 -
おお
http://ja.wikipedia.org/wiki/
腸内細菌
培養可能なのはごく一部のようでした、、、
お騒がせしました。
(無題)
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No.3151-4 - 2010/09/07 (火) 15:47:09 -
おお
ああ、嫌気性ならちょっと面倒かなぁとおもいながら、、、かきそびれていたというか、頭によぎったものの腸内細菌についてはそれ以上詳しくは知りませんでしたので、、、
特定の菌を見るのであれば、培養方法も絞れるかと、、、
どんな菌をターゲットにしてるんでしょうね、、ってそう言うことにも疎い私ですが、、、
ま公開していいかよく考慮した上で差し支えなければということで、、、
全く出しゃばるといけませんね、、、
(無題)
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No.3151-3 - 2010/09/07 (火) 14:49:51 - よっしー
腸内細菌の多くが嫌気性菌でしょうから,
培養は特殊な装置(施設)が必要になるのではないでしょうか?
いろいろな抗生物質を飲まして,特定の菌を殺したりして,
菌のあたりをつけて,ノトバイオートで解析するのが良いのかもしれませんね.
いずれにしても,たいそうな系になりますね.
やったことも,やろうとしたこともありませんので,
的外れかもしれませんが・・・
(無題)
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No.3151-2 - 2010/09/07 (火) 12:42:40 -
おお
PCRで検出するのであれば、餌をネガティブコントロールとしてとれば実験的に餌からの持ち込みは否定できるのではないでしょうか。
実際にプレートにまいて菌体を増やすというてもとれるんではないかとも思います。そうするとどこからか混じった死菌由来のDNAを拾うことはないと思います。
実際にそのような実験はしたことがないので、どこまで参考になるかわかりませんが、思いついたことを書いてみました。
実際にそう言う実験を経験した人の書込みがあればいいですね。
腸内細菌の同定
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No.3151-1 - 2010/09/06 (月) 04:21:14 - じん
ノックアウトマウスの研究をしています
腸内細菌への影響を調べたいんですが
この場合マウスの糞を調べればいいんでしょうか?
糞には食べ物中のdnaはコンタミしていないんでしょうか?
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