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BglIIとXhoIサイトがオーバーラップしているとき トピック削除
No.3107-TOPIC - 2010/08/28 (土) 19:12:55 - RE
いつも勉強させて頂いております。

DNA断片をサブクローニングするため、
組み込みたいベクターのMCSから、制限酵素サイトBglIIとXhoIを選び、
酵素消化したのですが(バッファーが共通だったため、Double digestionした)、
今となって、次のように、それら2つのサイトが1塩基オーバーラップしていることに気づきました。

BglII site
--A^GATCTCCGAG--
--TCTAGA^GGCTC--

XhoI site
--AGATC^TCCGAG--
--TCTAGAGGCT^C--

この場合、やはり切れないものでしょうか?

一応、週明けにLigation、Transformationまでやってみようかと思っているのですが、
明らかに切れないのであれば、途中でやめようかと思います。。。

よろしくお願いします。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.3107-6 - 2010/08/29 (日) 23:19:38 - RE
boston様、ami様:

やはり切れませんよね。あきらめてほかのREサイトを使うことにしました。

あかね様:

思いもつかなかったアイデアです。
3断片をLigationですか。そういう手もありましたね。
ただ今回は、普通にほかのサイトを使うことにして、素直にやり直します。
今後の参考にさせていただきます。

みなさま、ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.3107-5 - 2010/08/29 (日) 20:02:12 - あかね
ペクターを2つに分けて切ってはどうですか?
例えば、
ScaI+ XhoI vector fragment
ScaI+ BglII vector fragment
Xho + BglII insert fragment
の3つの組み合わせでLigationするんです。
この場合、ScaIはAmpR内にあるサイトです。

切れません 削除/引用
No.3107-4 - 2010/08/29 (日) 00:13:43 - ami
切れません。

(無題) 削除/引用
No.3107-3 - 2010/08/28 (土) 21:07:13 - RE
Boston様:

表記ミスでした。すみません。(C/Gが1つ多かったのですね)

BglII site
--A^GATCTCGAG--
--TCTAGA^GCTC--

XhoI site
--AGATC^TCGAG--
--TCTAGAGCT^C--

やはり切れませんか。。。覚悟はしておりましたが。

(無題) 削除/引用
No.3107-2 - 2010/08/28 (土) 20:49:53 - Boston
XhoI の配列が typo だとしても、理論上、無理だと思います。

BglIIとXhoIサイトがオーバーラップしているとき 削除/引用
No.3107-1 - 2010/08/28 (土) 19:12:55 - RE
いつも勉強させて頂いております。

DNA断片をサブクローニングするため、
組み込みたいベクターのMCSから、制限酵素サイトBglIIとXhoIを選び、
酵素消化したのですが(バッファーが共通だったため、Double digestionした)、
今となって、次のように、それら2つのサイトが1塩基オーバーラップしていることに気づきました。

BglII site
--A^GATCTCCGAG--
--TCTAGA^GGCTC--

XhoI site
--AGATC^TCCGAG--
--TCTAGAGGCT^C--

この場合、やはり切れないものでしょうか?

一応、週明けにLigation、Transformationまでやってみようかと思っているのですが、
明らかに切れないのであれば、途中でやめようかと思います。。。

よろしくお願いします。

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