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表現型に関わる遺伝子同定について トピック削除
No.3060-TOPIC - 2010/08/20 (金) 13:15:03 - ゆう
現在酵母の実験をしています。必死で考えたのですが、なかなかアイディアが浮かびません。皆様にアドバイスを頂きたく、書き込みました。ご助言よろしくお願いします。

特異的な表現型を持つ野生株があり、その表現型の原因となっている遺伝子を同定したい場合、どのような手法・手順で実験を行えば良いでしょうか？？
４分子解析を行い１遺伝子変異ではなかった場合という前提でお願いします。

　
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No.3060-12 - 2010/09/02 (木) 00:04:42 - ゆう
素晴しいアドバイスありがとうございます。

早急に読んでみたいと思います。

(無題) 削除/引用
No.3060-11 - 2010/09/01 (水) 23:16:55 - 弘法
難しいですね。次に挙げた論文はそういう状況を扱ったものだと思います。

Genetic characterization of pathogenic Saccharomyces cerevisiae isolates.
McCusker JH, Clemons KV, Stevens DA, Davis RW.
Genetics. 1994 Apr;136(4):1261-9. PMID: 8013903

Genetic dissection of ethanol tolerance in the budding yeast Saccharomyces cerevisiae.
Hu XH, Wang MH, Tan T, Li JR, Yang H, Leach L, Zhang RM, Luo ZW.
Genetics. 2007 Mar;175(3):1479-87. PMID: 17194785

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No.3060-10 - 2010/09/01 (水) 22:23:35 - ゆう
弘法さん　ありがとうございます。

形質はおおよそ優性であると考えています。
しかし、残念ながらノックアウトライブラリーは利用できない環境です。

(無題) 削除/引用
No.3060-9 - 2010/09/01 (水) 18:40:43 - 弘法
いくつか質問させてください。

その形質は優性ですか、劣性ですか？

ノックアウトライブラリは利用できる環境でしょうか？

(無題) 削除/引用
No.3060-8 - 2010/09/01 (水) 16:47:44 - ゆう
皆様からの貴重なアドバイスありがとうございました。
新たな知識が増えたと感激しております。

しかし、金銭的な問題からゲノム全体のシークエンスやマイクロアレイ
等の高額なツールを使用することが不可能な状況です。

もし少し手間がかかるようでも、安価に同定をすることが可能な手法・手段があればまた御教授願いたいと思っています。

よろしくお願いします。

(無題) 削除/引用
No.3060-7 - 2010/08/20 (金) 19:57:03 - Pumpkin
>表現型が出た「結果」として差のある遺伝子がゴロゴロ検出されそうな気がします。


いうまでもなく発現解析は、解析ステージをよく吟味する必要があるでしょうね。

(無題) 削除/引用
No.3060-6 - 2010/08/20 (金) 19:40:10 - 弘法
安くなったとはいえ、そう何株も全ゲノムシークエンスの外注を出したくないとすれば、標準株に何回かバッククロスした株の配列を決定するのが良いと思います。

(無題) 削除/引用
No.3060-5 - 2010/08/20 (金) 18:54:38 - み
遺伝子発現アレイの方はいかがなものかと。
表現型が出ている時点で野生型と比較した場合、表現型が出た「結果」として差のある遺伝子がゴロゴロ検出されそうな気がします。
もちろん絞り込みはできるのでしょうが・・・。

(無題) 削除/引用
No.3060-4 - 2010/08/20 (金) 17:33:36 - Pumpkin
このご時世なので、うさんと弘法さんの方法のいづれかが確実性が高いと私も思います。もちろん、どちらか一方だと見逃す危険性もありますが、

全ゲノムシークエンスもリファレンスゲノムがあるから大分安くできると思いますし、酵母のマイクロアレイは市販されているのでそんなに大変じゃないと思います。どちらも機械がなくとも受託に出せばいいでしょう。

(無題) 削除/引用
No.3060-3 - 2010/08/20 (金) 14:07:50 - 弘法
親株と複数の四分子について全ゲノム配列を決定し、表現型と挙動が一致する多型（変異）を見つける。

(無題) 削除/引用
No.3060-2 - 2010/08/20 (金) 13:30:08 - う
表現形を持つものと持たないもので発現する遺伝子を網羅的に比較。

違う発現パターンを示すものが、その表現形に関与する可能性があるかもしれない。

表現型に関わる遺伝子同定について 削除/引用
No.3060-1 - 2010/08/20 (金) 13:15:03 - ゆう
現在酵母の実験をしています。必死で考えたのですが、なかなかアイディアが浮かびません。皆様にアドバイスを頂きたく、書き込みました。ご助言よろしくお願いします。

特異的な表現型を持つ野生株があり、その表現型の原因となっている遺伝子を同定したい場合、どのような手法・手順で実験を行えば良いでしょうか？？
４分子解析を行い１遺伝子変異ではなかった場合という前提でお願いします。
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