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RNAについて教えてください(2件) トピック削除
No.3034-TOPIC - 2010/08/17 (火) 13:41:25 -
保存状態について
in vitroで転写した1本鎖mRNAを−80℃に保存した場合としていない場合
実験データ(えいどう)が変わることがあります。
ー80℃保存はRNAの構造に何らかの影響を及ぼすのでしょうか?

RT−PCRについて
・mRNAのカセット型選択的スプライシングのバンドを検出しているのですが、
PCRでぶれることがあります。何かいい方法ありませんか?

・またrRNAの濃度(キュウコウド測定)でmRNAの量をそろえているのですが、PCRしたサンプルでは濃度が変わったりしてしまいます。みなさんはどのように濃度をあわせていますか?
※ちなみにHeLa細胞からTorizolを用いてRNAを回収し
タカラのキットを用いて、oligo dTで逆転写しています。
 
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No.3034-5 - 2010/08/19 (木) 03:01:50 - real-time
松様

凍結融解や長期保存(-80Cですと氷の結晶はまだ動く)でRNAが分解しているのかもしれません。。ノザンを行なったころはエタ沈して-20Cで保存していたのですが、RNAの長さが保存期間で変化したことは無かったように思えます。

カセット型選択的スプライシングはやったことが無くわかりません。

RNA濃度測定はODが一般的ですが、gDNAのコンタミが考えられる場合はInvitrogen社のQuantIT RNAをお使いになると、RNA濃度をより正確に測定できます。実験の目的にもよりますが、使用するRNA濃度は適当で内部標準で比較するの人もいます。

(無題) 削除/引用
No.3034-4 - 2010/08/18 (水) 12:08:28 - み
RNAは高次構造をつくり得る。
泳動はおそらく非変性の単なるアガロースゲル電気泳動でおこなっているのでは?だから泳動度がサンプル間(保存状態の違い、サンプル履歴が原因かは知らんが)で異なるのでは?

他の質問は意味不明。用語など基本から勉強された方が良いでしょう。
ヒトの事はあまり言えないけど・・・。

(無題) 削除/引用
No.3034-3 - 2010/08/18 (水) 11:17:24 - stu
RNAを変性後(65℃とか)にオンアイスで急冷した場合は一本鎖に伸びたままですが、室温などに放置しておくとセルフアニーリングして立体構造が変わると言われています。
立体構造が変われば泳動のされかたも変わります。

-80℃に保存した場合としてない場合で温度管理の条件は同じなのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.3034-2 - 2010/08/17 (火) 22:07:19 - Actias
何を言っとるのか、さっぱりわからん。

-80℃保存したのは、保存していないのに比べて、泳動像がどう変わるのか?
そもそも、どういう組成のゲルやバッファでの泳動か?

PCRでぶれる、って、どういう現象のこと?

「mRNAの量をそろえる」と「PCRしたサンプルでは濃度が変わる」の間に、どんな操作をしたのか分からんし、そもそもPCRしたサンプルで濃度が変わったのは「なに」?

って、質問3件じゃん!

RNAについて教えてください(2件) 削除/引用
No.3034-1 - 2010/08/17 (火) 13:41:25 -
保存状態について
in vitroで転写した1本鎖mRNAを−80℃に保存した場合としていない場合
実験データ(えいどう)が変わることがあります。
ー80℃保存はRNAの構造に何らかの影響を及ぼすのでしょうか?

RT−PCRについて
・mRNAのカセット型選択的スプライシングのバンドを検出しているのですが、
PCRでぶれることがあります。何かいい方法ありませんか?

・またrRNAの濃度(キュウコウド測定)でmRNAの量をそろえているのですが、PCRしたサンプルでは濃度が変わったりしてしまいます。みなさんはどのように濃度をあわせていますか?
※ちなみにHeLa細胞からTorizolを用いてRNAを回収し
タカラのキットを用いて、oligo dTで逆転写しています。

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