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(無題) 削除/引用 No.3006-4 - 2010/08/10 (火) 06:49:26 - haruna Tさん、Pumpkin さん 書き込みありがとうございます。 BioPerl知りませんでした。たぶん私のやりたいことは数行のスクリプトで完了してしまうのでしょうね。パールの習得はちょっと時間がかかりそうです。 チュートリアル見ながらBlast2GO試したのですが、 アノテーションもBLASTもまったくうまく動いてくれません。 FASTA形式のファイル読み込んで、BLASTボタン押せばいいだけにみえるんですけど、どこか間違えてるのでしょうね。 残念ながら、今回は手作業かなぁ。

(無題) 削除/引用 No.3006-3 - 2010/08/09 (月) 17:15:54 - Pumpkin アクセッションナンバーが分かっているのであれば、それらのアミノ酸配列もしくは塩基配列を一括でFASTA形式で落とせると思うので、Blast2GOなどのフリーソフトでBlast, GOアノテーション, KEGGの貼付などを自動でできます。1万遺伝子位だと2日間程度で終わります。ただしPCスペックによります。

(無題) 削除/引用 No.3006-2 - 2010/08/09 (月) 15:39:57 - Ｔ BioPerl を利用した自作スクリプトで似たようなことをしています。 好きなようにカスタマイズできるのでお勧めです。

アノテーション 削除/引用 No.3006-1 - 2010/08/09 (月) 13:01:39 - haruna Genbankなどのアクセッションナンバーを基に，BLAST検索をかけてアノテーションを取ってくる，という作業を自動で行ってくれるようなフリーソフト，ご存じないでしょうか？

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