ＭＤ初心者です。ご教授お願いします。
タンパクＡとタンパクＢの複合体について、ＭＤシュミレーション(gromacs)を行い、ＡとＢの結合エネルギーの算出を目的としています。
ここ数年に報告された、類似の論文を読んだところ、それぞれシュミレーションを行うストラテジーが異なっていて（当たり前？）いまいち全体像がつかめず困っています。一般的にはどのような手順でＭＤを行うのでしょうか？
現在、以下のような計算を計画しています。
タンパクＡおよびＢはそれぞれ単独で結晶されており、それぞれのＰＤＢファイルを入手しました。ＡおよびＢを別々に、エネルギーの最小化、ＭＤを適当な時間（~5ns）行い、それぞれの構造ファイルをドッキングプログラムにロードします。得られたタンパクＡ-Ｂ複合体の構造ファイル（１０ファイル程度）を再び、先の条件でＭＤし、結合エネルギを算出しようと考えています。いまいち明確でない点は、
（１）ドッキングプログラムにロードする前に、タンパクＡおよびＢはエネ
ルギ最小化とＭＤをしておく必要があるか？
（２）ＭＤの条件設定の中で、温度は一定（例えば３００Ｋ）ではなく、変化
させる必要があるか？
です。よろしくお願いします。 |
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