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miRNAの表記法 トピック削除
No.2972-TOPIC - 2010/08/02 (月) 21:03:35 - yu-ko
いつもありがとうございます。

基本的だとは思うのですが、
hsa-miR-31
hsa-miR-31*
の*印の違いは何なのでしょうか。データベースをいくら探してもmiR-31*がひっかからないので手も足も出ません。

また、
hsa-miR-99a
hsa-miR-99b
のようにアルファベットだけ異なるmiRNAは、何が違うのでしょうか。
配列が似ているというのはわかるのですが…

研究室で新規に始めたため、助けを求められる方が周囲におらず大変困っています。
ご存知の方がいらっしゃいましたら是非よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.2972-4 - 2010/08/07 (土) 14:09:02 - mi
miRBaseは見たことありますか?
データを眺めたり、ヘルプを見たりしてみてください。
http://www.mirbase.org/help/nomenclature.shtml

(無題) 削除/引用
No.2972-3 - 2010/08/06 (金) 07:31:59 - yu-ko
けい様
ありがとうございました!!
とても助かりました。

アルファベットが付くのは配列が違うだけなのは何となく思っていたのですが、
それなら*は一体何なのか、分かりませんでした。

これからもよろしくお願いします。

(無題) 削除/引用
No.2972-2 - 2010/08/04 (水) 11:31:27 - けい
hsa-miR-31*はメインのmiRNA の反対側の配列由来の miRNAで、スター( * )をつけてスターフォームと呼ばれるようです。

ここの四段落目のが分かりやすいでしょう。
http://www.jst.go.jp/pr/announce/20090817/besshi.html

hsa-miR-99aとhsa-miR-99bはなにが違うかというご質問ですが、
以下のような可能性が考えられると思います。

1、由来するゲノムの位置が違う(miRNAの発現制御が異なるかもしれない)
2、配列が微妙に違う(標的遺伝子が異なるかもしれない)

miRNAの表記法 削除/引用
No.2972-1 - 2010/08/02 (月) 21:03:35 - yu-ko
いつもありがとうございます。

基本的だとは思うのですが、
hsa-miR-31
hsa-miR-31*
の*印の違いは何なのでしょうか。データベースをいくら探してもmiR-31*がひっかからないので手も足も出ません。

また、
hsa-miR-99a
hsa-miR-99b
のようにアルファベットだけ異なるmiRNAは、何が違うのでしょうか。
配列が似ているというのはわかるのですが…

研究室で新規に始めたため、助けを求められる方が周囲におらず大変困っています。
ご存知の方がいらっしゃいましたら是非よろしくお願いいたします。

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