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回答ありがとうございます 削除/引用 No.2963-7 - 2010/08/10 (火) 11:15:52 - 学生 ご回答ありがとうございます。 異なる種間での発現を比べる場合、 本当に同じ発達段階であるのか、アクチンでnormalizeしたとしても、もともとの種が違うために、そのnormalizeが意味のあるものなのかというようなことが問題となるのですね。 勉強させていただきました。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2963-6 - 2010/08/02 (月) 12:16:10 - う 詳しく書くの長くなるので、簡単に。 何を意図しているのかわからない場合は、その旨言っていただければ。 RT-PCRではしんどいと思います。 ホールマウントin situができるのなら（植物はよくわかりません）、 同じ発生段階とか言わずに、２種の発生過程でRNAの発現を見ていったら （比較というか）違いがわかるかも。 まぁ、その場合、タンパク質の発現を見るのが重要だろうってことになるかもですが。

(無題) 削除/引用 No.2963-5 - 2010/08/02 (月) 11:05:37 - in situ 皆様もおっしゃっているように、例えアクチンなどでnormalizeしたとしても、異なる種間では発生・分化のタイミングも異なりますし、『同じ』時期というのを決めるのがそもそも困難だと思います。 でも、異なる種間でオーソログの発現動態を経時的に追っていって、その違いが、何らかの器官なりの形態などの違いに影響している、というような議論はできると思います。

(無題) 削除/引用 No.2963-4 - 2010/08/02 (月) 10:29:10 - ファング 素朴な疑問だと思います。 オルソログの定義をちゃんと勉強したことはありませんが、分子系統分類学的に 同一の先祖遺伝子の正統な子孫同士の関係性と思われます。 生物と遺伝子の進化を議論する過程で生まれてきた言葉と思います。 発現制御領域まで含めた分子系統分類は一般的に不可能ですから、オルソログ の関係性を決めるうえでは考慮されていないはずです。制御領域に作用する 因子については言わずもがな。 したがってオルソログ同士であっても発現様式には同一性の保証はありませんから、 これを調べること自体に意味がないわけではないですね。 マウスなどのモデル動物での知見がヒトにもあてはまるかどうか、について 確認する作業は必要だとは思います。 しかしながら、違いがあったとしても、あるいは違いがなかったとしても それだけでは大した研究成果とは思われないので、それがタイトルになってる ような論文を見つけにくいんでしょう。

(無題) 削除/引用 No.2963-3 - 2010/08/02 (月) 08:48:42 - Q ＞例えば2種類の植物から同じ発達段階、組織からRNAを抽出し、RT-PCRにより目的のオルソログ遺伝子を増幅させます。同時にアクチンなどなにか指標になるような遺伝子も増幅させ、それとの比較により遺伝子の発現レベルに違いがあるとはいえるのでしょうか？ 他の方のおっしゃっていますが・・・ 極端な例を出しますが、 例えば、ヒトとウマのある時期のある組織であるオルソログの発現を比較するとして、 ヒトとウマで生後１日の赤ちゃんのある組織でA遺伝子の発現量比較をしたとします。 果たして生後１日の個体がヒトとウマで「同じ発達段階」と考えて実験をする意味があるでしょうか ？ また、オルソログ遺伝子と簡単にいいますが、何をもって「オルソログ」と決めるのか？ この２つはどちらも微妙な判断で「同じ」とすることになると思われるので、 不確定要素×不確定要素＝何をやっているのかわからない ってことに陥るのでは？

オルソログ遺伝子の種間での発現の違いについて 削除/引用 No.2963-2 - 2010/08/02 (月) 08:26:47 - Actias 究極的には「同じってなんですか」という質問に答えることです。 一つの入れ物に2種類の物が入っているとき、それぞれの量を 比べるのは、比較的容易です。 同じ種類の二つの入れ物に同じ種類の物がそれぞれ入っているときも、 何とかなりそうです。 同じ種類の二つの入れ物にそれぞれ1種類ずつの物が入っているときは、 何とかなりそうですが、そろそろ絶対値で評価するか相対値で評価 するか、迷いだします。 違う種類の二つの入れ物に同じ種類の物がそれぞれ入っているときは、 いれものの違いを考慮した使用が必要だと、強く感じます。 この質問の場合、 違う種類の二つの入れ物に同じではないが違うとも言いがたい種類の物 がそれぞれ入っているとき、 なので、何を基準にどの量単位で計ろうか、ということを決めないと いけません。 と、ぼくからは答えを上げられません。

オルソログ遺伝子の種間での発現の違いについて 削除/引用 No.2963-1 - 2010/07/31 (土) 21:54:38 - 学生 オルソログ遺伝子の種間での発現の違いについて オルソログ遺伝子の種間での発現の違いについて ふと疑問に思ったので質問させていただきます。 異なる種でも同じ遺伝子、すなわちオルソログの遺伝子を持つことがありますが、そのオルソログ遺伝子の発現のレベルの違いをRT-PCRを用いて調べることは可能なのでしょうか？ 例えば2種類の植物から同じ発達段階、組織からRNAを抽出し、RT-PCRにより目的のオルソログ遺伝子を増幅させます。同時にアクチンなどなにか指標になるような遺伝子も増幅させ、それとの比較により遺伝子の発現レベルに違いがあるとはいえるのでしょうか？ いろいろ文献をあたってみましたがこのような実験を見つけることができなかったため、なにか問題点があるのではと思っているのですが、もしご存知の方がおられましたら、教えていただけると嬉しいです。

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