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(無題) 削除/引用 No.2946-3 - 2010/07/28 (水) 00:31:28 - ファング 土壌とか環境由来のDNAは断片化してるのも混ざってくるので、そういうことも 起こりがちでしょうね。 土壌DNAからPCRして増えてきたrDNA配列には真正細菌でも古細菌でもないものが 見つかったりしますが、大騒ぎしないようにしてくださいね。 PCRには厳しい材料なので増やしやすい条件になってると思いますが、そうする と変なのが増えます。サイクル数や伸長時間を短くしてみたら改善しませんか。 プレートからとった菌体を土壌に混ぜてDNAをとってみたら良いコントロール にならないでしょうか。

Re: 16 rRNAのPCRにおける非特異的産物 削除/引用 No.2946-2 - 2010/07/27 (火) 21:08:17 - Actias そういうものだと思います。 専門家に聞いてください。 配列解析担当の方といえばいいと思います。 http://www.jcm.riken.jp/JCM/JCM_Home_J.shtml

16 rRNAのPCRにおける非特異的産物 削除/引用 No.2946-1 - 2010/07/27 (火) 17:15:48 - カエル 土壌中からDNAを抽出し、細菌16S rRNAを標的にしたPCRを行っています。 増幅領域はV3-V5領域(F338, R907)です。 論文に記載されているように実験を進めているのですが、800 bp付近と1200 bp付近に非特異的バンドが出現してしまいます。 理論値の629 bp付近と800 bp付近のバンドが最も濃く、1200 bp付近のバンドはうっすらとしています。 Mg2+濃度, template濃度, アニーリング温度はさまざまなものを試しているのですが、同じような結果ばかりです。 同じ土壌の懸濁液をLB plateにまき、得られたコロニーの16S rRNAのコロニーPCRを行ったときは理論値付近の単一バンドが得られています。 どうか助けてください。 よろしくお願いします。

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