Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

最新のフォーラム | このフォーラム | ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

ImageJによる画像解析 トピック削除
No.2904-TOPIC - 2010/07/17 (土) 15:09:49 - Ran.G
蛍光顕微鏡で撮った写真からその強度を測りたくてImageJを使っています。
一応Intractive 3D Surface Plot でXYZんおプロットはできたんですが、Zの数値化が良く分かりません。

ImageJを使ってZの数値を求める方法、またImageJ意外で何か便利なソフトが有りましたらお教えください。
よろしくお願いします。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



3件 ( 1 〜 3 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 解決済み 削除/引用
No.2904-3 - 2010/07/17 (土) 18:24:43 - Ran.G
丁寧な回答ありがとうございます。

蛍光染色された細胞の蛍光強度を比較したいのですが、いろいろな理由でプレートリーダーやイメージャーが使えなくて……それで、Image JからZを数値化して比較しようと思ったのです。

おかげさまで、なんとかなりそうです。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.2904-2 - 2010/07/17 (土) 17:31:27 - qq
>一応Intractive 3D Surface Plot でXYZんおプロットはできたんですが、
元画像は、RGBカラー(8bit x 3)なのでしょうか?

>Zの数値化が良く分かりません。
Zの数値は、座標(X、Y)のピクセルの値そのものですよね。
Interactive 3D Surface Plotは、
1)見て遊んだり、
2)変化のある点を視覚的に確認したり、
3)「こんな感じ!」といって、プレゼンに使う
ものだと思いますね。

「数値化」って、いったい何をしたいのかが判らないと、何ともなりませんよ。

質問とはズレますが、

簡単な数値読み取りは、
0)analyse > set measurementで、測定項目を設定する。
1)領域を選択
2)Ctrl-m(か analyse > measure)で測定
3)resultをエクセルなどにペーストして、ゆっくり調べる。

そして、文字通り画像ファイルを数値化する方法は、
File > Save as > text image
です。(小さめの画像ファイルで試して見てくださいね)
出力されたファイルをテキストエディタで確認すると、数値のマトリクスが表示されるはずです。
この数値を、ijで3D表示したものが、interactive 3D Surface plotだと言う理解でよいのだと思います。
ImageJから、
File > import > text image
で読み込んで見てください。RGBから16bit表示に変換してしまっているかも知れませんが、数値が画像その物であることが判るはずです。

ImageJによる画像解析 削除/引用
No.2904-1 - 2010/07/17 (土) 15:09:49 - Ran.G
蛍光顕微鏡で撮った写真からその強度を測りたくてImageJを使っています。
一応Intractive 3D Surface Plot でXYZんおプロットはできたんですが、Zの数値化が良く分かりません。

ImageJを使ってZの数値を求める方法、またImageJ意外で何か便利なソフトが有りましたらお教えください。
よろしくお願いします。

3件 ( 1 〜 3 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を