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終わっちゃってますが 削除/引用 No.282-11 - 2009/04/08 (水) 21:57:19 - こうじ AgaroseSの3%で行けます。 ただ、ポイントがあって、薄いゲルを作ることです。 お試しあれ。

多謝です 削除/引用 No.282-10 - 2009/04/06 (月) 17:25:20 - RS111 皆様、多謝です。 いやー、皆様のご経験やアドバイス大変参考になりました。 とりあえず、高濃度のagarose Sとnusiveで 比較検討してみたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.282-9 - 2009/04/06 (月) 16:11:32 - ~ そのくらいのサイズであれば、Agarose Sでやってみますけどね。 アクリルアミドゲルのプレキャストがラボに転がってなければ、 私ならアガロースゲルを第1選択にします。 たしか、6%位まではいけたと記憶しています。 それぞれの長さのコントロールと、100bp ladder(か200~300bpにバンドが出るマーカー)があれば、 識別することは可能だと思います。 泳動像を写真で見せる場合があれば、アガロースでは分かりにくいかもしれません。 その場合は、流してどちらに分類されるか分かったものについて、 適当に並べてPAGEで流して写真を取り直してはいかがでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.282-8 - 2009/04/06 (月) 15:53:50 - おお nusive3:1ってlow meltingのアガロースと通常のアガロースが3:1で混ざっているやつだったと思いますが それにさらに通常のアガロースを1:1ぐらいで混ぜて使ったりもしてます、、、、

(無題) 削除/引用 No.282-7 - 2009/04/06 (月) 14:07:14 - AP できます。NuSieveの説明書（ハンドブック）に泳動例の写真があると思いますが、それくらいなら十分分離できる性能があります。 手近の自分の実験記録を見たら、3%で170 bpと150 bpのタイピングをしていました（もっとも、これは普段使いのアガロースでも3%で出来ていた。けれどNuSieveの方が分離もバンドもシャープ）。 4%は100 bp以下程度の断片の分離には良いかもしれませんが、200-300 bpには濃すぎて分離が悪くなる（バンドの間隔が狭くなりすぎる）と思います。2-3%くらいで良いんじゃないでしょうか。添付のハンドブックに濃度ごと、バッファー種ごと泳動像が出ていたはずなので、自分の見たいサイズが良く分離できそうな濃度を選んでください。 もしも、コストを気にするなら、使用後のゲルをためておいて、 ・一旦、DNAを流しきったあとそのまま再利用する。 ・重量を測定した後、オートクレーブで溶かし、蒸発して減った分に相当する重量の蒸留水を加えて再びcastingする。 なんててもあります。 大量サンプルのタイピングを継続的、連続的にやるときはそうしています。

(無題) 削除/引用 No.282-6 - 2009/04/06 (月) 13:01:08 - Pumpkin 汎用アガロースでの回答なのでトピ主さんの趣旨と外れますが。。。 「できるかできないか」という観点のみで(コストパフォーマンスとかハンドリングとかは抜きで)、6%まで汎用アガロースでゲルを作ったことあります。電子レンジではかなり困難なので、中年さんがおっしゃるようにオートクレーブで溶解した方がいいです。ただし、溶け残りがないように121度C・15分かけました。ただ、ゲルがかなり固いので熱を持ちやすい点は留意してください。そのときは50bpをちゃんと識別できたので、出来ると思いますよ。 ただ、(汎用アガロースだと)なにせ固まりやすいので相当ハンドリング悪いです。溶け残りなんかがあって綺麗に電気泳動像が得られなかったり、ちょっとしたすきに固まったりしたりで悲しい気持ちになるかもしれません。ルーチン的にやるのであれば、皆様が言うようにポリアクリルアミドがやっぱりいいのだと思います。

(無題) 削除/引用 No.282-5 - 2009/04/06 (月) 12:16:42 - 中年 NuSieveは高価なので、一度、普通のアガロースで試してみてはいかがですか。バッファーにアガロースを加えてオートクレーブに掛け、120℃になったところでOFFにして圧が下がったところで泡を立てないように混ぜるという方法で、４％くらいはいけると思います。

(無題) 削除/引用 No.282-4 - 2009/04/06 (月) 09:41:03 - RS111 agaさん zuum さん ありがとうございます。 やっぱり、アガロースの場合泳動の調節が難しく 判定が困難なケースが出てくるのでお勧めできないということでしょうか。 アクリルアミドの場合、アガロースよりも扱いづらく 多検体泳動できないというのが私の懸念材料なんですが

(無題) 削除/引用 No.282-3 - 2009/04/06 (月) 01:33:28 - zuum 可能だと思います。 僕は NuSieve GTG Agarose でそれくらいのサイズを分離したことあります。 buffer は TBE を用いた方が、低分子の分離にはいいですよ。 だけど、僕もアクリルアミドの方がいいかと思います。

(無題) 削除/引用 No.282-2 - 2009/04/06 (月) 00:31:15 - aga おそらく可能だと思いますよ。 ５％くらいまでアガロース濃度は上げられると思いますが、アクリルアミドで行なったほうが、よろしいかと・・・

アガロースゲルでの30bpの差の検出 削除/引用 No.282-1 - 2009/04/06 (月) 00:08:06 - RS111 PCR-RFLPで３０bpしか差のない産物を分離したいと考えています。 一度に他検体を処理したいと考えていますので、ポリアクリルアミド ではなく高濃度のアガロースゲルを用いたと考えております。 いろいろカタログをみて検討し、nusive3:1を購入しようと考えております。 そこでお聞きしたいのですが、 ４％　nusive3:1でPCR産物（３００〜２００bp）の３０bpの差を 判定することが可能でしょうか。 詳しい方ご教授下さい。

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