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(無題) 削除/引用 No.2789-23 - 2010/07/05 (月) 10:51:13 - mom-a ＞＞2kpまでしかバンドが確認できずに、どのように0.27kbpという結論を出したのですか？ ＞片対数グラフ用紙を用いて、λファージDNA/HindIII切断断片のグラフを書き、そこから求めました。（そういう指示でした） ＞また、2.0kbp以降は推測でグラフを書けということでした。（なんとなくこういうグラフになるという図は配布されました。それも曲線でした。） DNAマーカーについては、2kbpより小さいバンドは不明瞭で確認できない可能性が大きいことは（実験をやらせている側からは）想定内であり、本来はこうなるはず、という曲線（No.2789-18で指摘されているとおり、サイズが小さい方は直線にのりませんから曲線になります）を与えておおまかな予測をさせた、ということですね。 将来はデータをまとめて論文にしようというような研究であればこんなことはあり得ないですが、学生実習でしたらこういうこともあるでしょう。学年や専攻によって、どの程度の内容を実習に盛り込むかというも全く変わってきます。ですから、そのような背景が全く分からない人に向かって実習の目的を問うても、適切な答えを得ることはできないというわけです。 また、指導する側からすると、「自分で調べなさい」という「調べる」には「ネットの掲示板で聞く」ということは含まれていません。学術関係の掲示板では「宿題やレポートの解答を得ようという質問」を禁止しているところもありますが、これは「それではあなたの勉強になりませんよ」ということでしょう。

(無題) 削除/引用 No.2789-22 - 2010/07/01 (木) 23:44:07 - 匿名希望 ＞2kpまでしかバンドが確認できずに、どのように0.27kbpという結論を出したのですか？ 片対数グラフ用紙を用いて、λファージDNA/HindIII切断断片のグラフを書き、そこから求めました。（そういう指示でした） また、2.0kbp以降は推測でグラフを書けということでした。（なんとなくこういうグラフになるという図は配布されました。それも曲線でした。） ＞No.2789-16、No.2789-17の意見は参考にしましたか？これについて、あなたはどのように考えましたか？ 「DNAとRNAは構造が違うため、予測ほどRNAの移動度は大きくならない」と考えました。「そもそもDNAのサイズマーカーでRNAは測ることができない」とまでは結論づけませんでした。

横レス 削除/引用 No.2789-21 - 2010/07/01 (木) 11:11:23 - mom-a >125bpのバンドは確認できませんでした。2.0kbpまでしか分からなかったです。0.27kbp相当という結果になったので、 2kpまでしかバンドが確認できずに、どのように0.27kbpという結論を出したのですか？（というか、サイズマーカーが上手く泳動されていないという時点で問題を感じなかったのですか？） >2kb と 0.56kb の位置を結んで直線的に延長するのは正確ではないですよ。 >ごく一般的に使われるアガロースで直線性が保たれるのは 0.5〜10kb 位の範囲です。 >これより短いフラグメントや長いフラグメントは直線上に乗らなくなります。 No.2789-18にあるように、検量線で直線性が保たれる範囲は限定されています。（泳動条件によって異なりますので、あなたの実験でどの程度の範囲まで直線だったのかはわかりません。）どのような測定であれ、基本的に、検量線から外れている範囲（大きい方でも小さい方でも）については正確な測定はできないということです。検量線の書き方については調べればわかることと思います。 学生実習の場合、時間、費用等、様々な制約がありますし、何を目的としているかは、実験を組んだ当事者でなければ正確なところはわからないです。目的については、授業なり実習中なり、どこかで説明（ヒントのようなものかもしれませんが）があるはずです。論文ではないですから、実験結果から何がいえるかだけではなく、自分で調べることが大事な場合もあります。 No.2789-16、No.2789-17の意見は参考にしましたか？これについて、あなたはどのように考えましたか？

(無題) 削除/引用 No.2789-20 - 2010/06/30 (水) 22:59:36 - ああああ 例えば、10cm刻みの1m定規があったとします。 その定規で20cmなら正確に測れますが、5mmとか3mを正確に測れると思いますか？ そんなの無理です。そういうことです。

(無題) 削除/引用 No.2789-19 - 2010/06/30 (水) 22:32:29 - 匿名希望 回答ありがとうございます。 125bpのバンドは確認できませんでした。2.0kbpまでしか分からなかったです。0.27kbp相当という結果になったので、tRNAのバンドは125bpよりは前になります。使ったゲルの濃度は１%でしたので、tRNAをDNAのサイズマーカーでは測れないということを考察させたかったのでしょうか・・・。結果から何が言えるか？ということだったので、もっと違うきちんとした何かが言えるものと思い、わけがわからなくなってしまいました。自信もなかったためレポートにそう書かずに出してしまいました・・・。 ＞2kb と 0.56kb の位置を結んで直線的に延長するのは正確ではない これについてもう少し詳しく教えていただけませんか？すみません。

私も実験の意図が分からない 削除/引用 No.2789-18 - 2010/06/29 (火) 13:01:38 - 通りがかり バンドサイズを 0.27kb と見積もったそうですが、DNA マーカーの 125bp のバンドは確認できましたか？ tRNA のバンドはそれよりも後ろでしたか？ 2kb と 0.56kb の位置を結んで直線的に延長するのは正確ではないですよ。 ごく一般的に使われるアガロースで直線性が保たれるのは 0.5〜10kb 位の範囲です。 これより短いフラグメントや長いフラグメントは直線上に乗らなくなります。 （アガロースのタイプやゲルの濃度にもよります） 0.5kb 以下のバンドの長さを見積もろうとすれば、NuSieve GTG などの特殊なアガロースを使うか、アクリルアミドゲルを使う必要があります。 今回使ったゲルが 0.7% とか 1% とかの濃度なら、それは普通のアガロースなので、問題になっている範囲は直線から外れてますよ。もしそうなら、「この実験条件は tRNA のサイズを測るには適当でない」というのが結論になります。

どのレベルの実習なのか 削除/引用 No.2789-17 - 2010/06/29 (火) 10:35:40 - ema 専門課程に入っての実習だとすごく難しい話をしそうな可能性だけど、学部の実習なら１本鎖のRNA（nt=b;base)２本鎖のDNA（bp:basepair）では移動度が異なるのはなんでかっていうレベルを学生に学習してもらいたいんじゃないかしら。 単純にbaseでいったら80に対してなら40とか160とか対応しそう（いますごーく極論をいってるから）なのがそうはならない。今回の実習結果単品では考察しようも無いけど、文献で調べても良いならそれらしい事を調べてレポート書く、でよいのでは。

(無題) 削除/引用 No.2789-16 - 2010/06/29 (火) 10:22:46 - ~ DNA、RNAの電気泳動では、長さと移動度には相関がある。 ↓ここまでが背景 今回のDNAマーカーでもそれは確認できていた。 ↓ 80ntの一重鎖RNAの移動度と、270bpの二重鎖DNAが同じであった。 ↓ここまでが結果 ○なぜ、長さが短く分子量が小さいために、移動度が早いと考えられる一重鎖RNAが、 　長く分子量が大きいために移動度が遅いと考えられる二重鎖DNAと同じ移動度となったのか？ についての考察が求められているのでは。

(無題) 削除/引用 No.2789-15 - 2010/06/29 (火) 01:13:52 - 匿名希望 そういう考察の仕方もあるのですね。参考にさせていただきます。 何回も回答していただき本当にありがとうございました。 （もう少し経ちましたら、解決ボタンを押させていただきます。）

(無題) 削除/引用 No.2789-14 - 2010/06/29 (火) 01:00:51 - danlife 80 ntのRNAの移動度が、270 bpのDNAの移動度に相当した。これが、あなたの観測した実験結果です。 いいじゃないですか、「この結果からは何も言えない」で。データ解釈は人それぞれです。「何かを言うためには〜〜の実験が必要だ」。これも考察の一つでしょう。

(無題) 削除/引用 No.2789-13 - 2010/06/28 (月) 23:14:39 - 匿名希望 それは資料として与えられたので知っています。そこから出した結果が先ほどの「tRNAがDNAの0.27kbpに相当する」というものです。

(無題) 削除/引用 No.2789-12 - 2010/06/28 (月) 23:07:03 - take_ 確認ですが、 λファージDNA/HindIII切断断片それぞれのサイズを知っていて話をしていますよね？

(無題) 削除/引用 No.2789-11 - 2010/06/28 (月) 23:06:41 - 匿名希望 やりました。答えは与えられていないです。 DNA,tRNAともに染色されました。DNAをサイズマーカーとして測定した結果としてはtRNAはDNAの0.27kbp相当という結果になりました。これから何が言えるか考察せよということなのですが、何が言えるのか分からない状態です。

(無題) 削除/引用 No.2789-10 - 2010/06/28 (月) 23:00:23 - take_ それはともかく、実験はやったのですよね？ どういう条件で実施して、どういう結果になったのでしょうか？ ゲルの組成は？ それぞれマーカーDNA とRNA は見えたの？ それと、どういう状況での実験でしょうか？ 答えが準備されている実習？ 答えが準備されてない実験？

(無題) 削除/引用 No.2789-9 - 2010/06/28 (月) 22:20:15 - 匿名希望 回答ありがとうございます。 やはりtRNAがDNAの何kbpに相当するかを出しても被測定物が８０ntでは「小さすぎ」ということになるのですよね。ということは、1bp=1ntということになるのでしょうか？もし、0.080kbp相当という結果になったとしたら、「小さすぎ」とは言えないということになるのでしょうか？ 聞くことができればよいのですが、それを考察しなければならないのです。

(無題) 削除/引用 No.2789-8 - 2010/06/28 (月) 21:27:13 - take_ 誤解を与える表現をして、申し訳ないです。 サイズマーカーのバンドのうち、分かっている二つのバンドの移動度と、その移動度の間にある被測定物の移動度を比べることができます。 これが普通の使い方です。 「大きすぎ・小さすぎ」 一番大きい移動度のマーカーよりさらに大きい移動度が「大きすぎ」 一番小さい移動度のマーカーよりさらに小さい移動度が「小さすぎ」 「なあんだ、それだけか」です。 おっしゃるとおり、何kbp かのものさしで80 nt を計るとしたら、被測定物は、塩基の長さが「小さすぎ」です。 ここから先、つまり意味があるかどうかは、No.2789-2 のごとく、 その実験を指示した人に、この作業の意味、この結果から何が言えるか 聞いてください。 ただし、ぼくは、 λファージDNA/HindIII切断断片と何でもいいけどRNAを電気泳動 というのはやったことがないので、提示の実験でなにが見えるかは知りません。 また、提示の実験操作は「アガロースゲル電気泳動」とのみ記載なので、DNA とRNA を同じゲルで泳動する意味を問われても、なんとも答えがたいです。

(無題) 削除/引用 No.2789-7 - 2010/06/28 (月) 21:05:13 - 匿名希望 回答ありがとうございます。やはりまだ分かりません。すみません。 DNAをサイズマーカーとしてRNAの移動度を測っても分かるのは何kbpかですよね？一方与えられたRNAはnt（今回は８０nt）。これで移動度が大きすぎた、小さすぎたとどう判断するのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2789-6 - 2010/06/28 (月) 08:58:21 - take_ 「サイズマーカー」は、サイズが分かっているから、サイズマーカーです。 なので、サイズマーカーのカタログデータをみて、サイズを調べてください。 「アガロースゲル電気泳動」でわかるのは、移動度です。サイズは、移動度からの類推です。 「DNA断片をサイズマーカーとしてtRNAの移動度を測る」 アガロースゲル中を移動するもの同士の比較であれば可能です。 結果の像を見て何cm動いたか、だけのことですから。 また、マーカーより大きすぎるか小さすぎても、 「移動度が大きすぎた・小さすぎた」ということはできます。 「操作の意味」は、前述の方と同じです。指示を出した方に、その心を尋ねてください。

(無題) 削除/引用 No.2789-5 - 2010/06/28 (月) 00:31:32 - 匿名希望 回答ありがとうございます。DNAマーカーと一致したかしないかというのはどういうことでしょうか？どういうことかというより、私も考察すべきはそういうことだろうと予想は立ったのですが、DNAがどれくらいのヌクレオチドかわからない（わかるのはDNAは58kbpということのみ）のに、DNAマーカーと一致したかどうかを判断できるのか、判断できるとしたらその判断の仕方が分からないのです。ntとkbpは単位をそろえて考えることができるのでしょうか？勉強し始めなもので、何かずれていることを申し上げていたらすみません。出来ればご教授願います。

(無題) 削除/引用 No.2789-4 - 2010/06/27 (日) 23:51:25 - AP 学生実習の類だと思いますが、 >この作業にはどんな意味があるのでしょうか？またこの結果から何が言えるのでしょうか？ それを得られた結果から各自考え抜くことに意味があると思います。 結果から、80 ntと与えられているtRNAの移動度がDNAマーカーと一致したのかしなかったのか、それから何が言えるのか、どうしてそうなると考えられるのかなどなど、

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