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(無題) 削除/引用 No.2785-6 - 2010/06/26 (土) 22:22:41 - AP それと、非変性ゲルで泳動したらちゃんとシングルバンドだということは確認済みですよね。sub-bandが出ているようなら、話は変わってきます。

(無題) 削除/引用 No.2785-5 - 2010/06/26 (土) 22:15:32 - AP 泳動する前に、プライマーを取り除く処理をしているのでしょうか。 そうでなければ、あまったプライマーも見えているはずですが、バンドのひとつはそれなのでは？ 変性ゲルでは100%の核酸が変性した状態であるべきで、もし本当にdsが残っているとしたら実験系がうまく動いていません。 マーカーがあればサイズで判断できるはずですが、適当な蛍光標識マーカーが無いなら、蛍光標識プライマーを単独で、サンプルに並べて泳動してみればプライマーの位置はわかりますね。 私見ですが、二次構造をとっていない場合、ssと同じ塩基長のdsの移動度は同等だと思います（RNAの二次構造を解いてnative gelで流してdsマーカーと比較したときなどの経験から。二次構造をとっているとぼわっとスメアっぽくなるようですが）。dsでもssでも分子量と電荷の比は一定なので、二次構造で分子の嵩高さ（ファンデルワールス体積）が変わらない限り、同じ程度の移動度なんだと思います。

(無題) 削除/引用 No.2785-3 - 2010/06/26 (土) 17:32:34 - a 両方切り出して、少量を熱変性後、泳動してみればよい。

(無題) 削除/引用 No.2785-2 - 2010/06/26 (土) 15:21:51 - take dsDNA が２本鎖DNA で、ssDNA が１本鎖DNA のことだとしたら、変性ゲルで２本鎖DNA が得られていること自体、おかしいと思いませんか？ プライマーと鋳型DNA の位置を把握していますか？そのゲルでそれぞれ見えますか？ マーカーとして、何を使っていますか？ たぶん、見ているバンドの同定が間違っていると思うのだけど。

変性ポリアクリルアミドによる分離で 削除/引用 No.2785-1 - 2010/06/26 (土) 13:39:39 - 木枯し 　初心者で知識がないもので、馬鹿な発言をしたらごめんなさい。 　いま、プライマーにフルオレセインを修飾したものでPCRで増幅し dsDNAからssDNAを分離させようとしています。 　dsDNAを熱で加熱し、ssDNAにしてからさらに尿素入りポリアクリルアミド 　によって電気泳動を行い、ssDNAを切り出してこようと思っているのです　 　が、dsDNAとssDNAはどちら先に流れているのでしょうか？ 　UVでみると2本のバンドが確認できるのですが、どっちがどっちかわかりま　せん。普通ssDNAの方が先に流れているような気がするのですが、合ってい　るかどうか・・・ 　アドバイスお願いします。

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