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PCRによるマイコプラズマ否定試験 トピック削除
No.2763-TOPIC - 2010/06/23 (水) 08:43:29 - hiroaki
当方、最近ある企業に入社し、そこで治療にもちいる細胞を培養しています。
その企業では、細胞のマイコプラズマ感染の有無を調べるため、治療に用いる直前にPCRにて試験をしています。

この試験にて、偽陽性が高い頻度で出てしまうこと(ポジコンの持ち込みが大半)から試験法の改善を求められています。

そこで、同様の試験をされている方のアドバイスや試験方法を聞かせていただきたく、よろしくお願いします。


PCRの反応系を以下に示します。

Sample=培地1μl
PCR試薬=Promega GoTaq Master Mix 
total volum=25μl

PCR
94℃=30sec.
62℃=2min.
72℃=2min.
30cycle

上のPCR反応液を2μlをサンプルとし、同様の反応のネスティドPCR

サンプル10μlを泳動し、バンドがみられれば陽性

アウタープライマー
5'‐ACACCATGGGAG(C/T)TGGTAAT-3'
5'‐CTTC(A/T)TCGACTT(C/T)CAGACCCAAGGCAT-3'
インナープライマー
5'‐GTG(G/C)GG(A/C)TGGATCACCTCCT-3'
5'‐GCATCCACCA(A/T)A(A/T)AC(C/T)CTT-3'

疑問点
・アニーリングや伸長反応の時間が普通ではないと思うのですが、
公定法でこのように定めている(例示している)ので、安易に変えてよいものか迷っています。

・アニーリングの温度は、公定法では55℃となっていますが、前任者が62℃と定めています(おそらくプライマーのTm値に合わせて)。

・2回目のPCRの際、1回目の反応液2μlをサンプルとしていますが、公定法を参考にすると0.25μlをサンプルとする計算になります。


何卒、よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.2763-5 - 2010/07/02 (金) 11:54:10 - 奥田
ポジコンの持ち込みが大半ということですので、
反応条件の変更では改善できないでしょう。

電気泳動のピペットとPCR調整用のピペットは別にしていますか?
電気泳動の場所も分けるべきです。

フィルターチップを使わなくて、これだけで持ち込みを大幅に減らせます。

(無題) 削除/引用
No.2763-4 - 2010/06/23 (水) 12:11:31 - bluehornet
>ポジコンの持ち込みが大半
ということですが、チップはフィルターチップを使っていますか?
少なくとも、PCRのテンプレートになり得る核酸を含んだ溶液を扱う場合にはフィルターチップを使ったほうがいいと思いますよ。

(無題) 削除/引用
No.2763-3 - 2010/06/23 (水) 09:43:44 - UC
こんにちは。4月頃にこんな記事を見かけました。
http://www.nature.com/nprot/journal/v5/n5/abs/nprot.2010.43.html

(無題) 削除/引用
No.2763-2 - 2010/06/23 (水) 09:04:03 - take
相談への答えになりませんが、参考として、理研の細胞バンクのマニュアル。
http://www.brc.riken.jp/lab/cell/quality/myco_kensa.shtml

PCRによるマイコプラズマ否定試験 削除/引用
No.2763-1 - 2010/06/23 (水) 08:43:29 - hiroaki
当方、最近ある企業に入社し、そこで治療にもちいる細胞を培養しています。
その企業では、細胞のマイコプラズマ感染の有無を調べるため、治療に用いる直前にPCRにて試験をしています。

この試験にて、偽陽性が高い頻度で出てしまうこと(ポジコンの持ち込みが大半)から試験法の改善を求められています。

そこで、同様の試験をされている方のアドバイスや試験方法を聞かせていただきたく、よろしくお願いします。


PCRの反応系を以下に示します。

Sample=培地1μl
PCR試薬=Promega GoTaq Master Mix 
total volum=25μl

PCR
94℃=30sec.
62℃=2min.
72℃=2min.
30cycle

上のPCR反応液を2μlをサンプルとし、同様の反応のネスティドPCR

サンプル10μlを泳動し、バンドがみられれば陽性

アウタープライマー
5'‐ACACCATGGGAG(C/T)TGGTAAT-3'
5'‐CTTC(A/T)TCGACTT(C/T)CAGACCCAAGGCAT-3'
インナープライマー
5'‐GTG(G/C)GG(A/C)TGGATCACCTCCT-3'
5'‐GCATCCACCA(A/T)A(A/T)AC(C/T)CTT-3'

疑問点
・アニーリングや伸長反応の時間が普通ではないと思うのですが、
公定法でこのように定めている(例示している)ので、安易に変えてよいものか迷っています。

・アニーリングの温度は、公定法では55℃となっていますが、前任者が62℃と定めています(おそらくプライマーのTm値に合わせて)。

・2回目のPCRの際、1回目の反応液2μlをサンプルとしていますが、公定法を参考にすると0.25μlをサンプルとする計算になります。


何卒、よろしくお願いいたします。

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