Bio Technical フォーラム

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やる気があればある意味ありがたい状況かもしれない 削除/引用
No.2697-137 - 2010/06/18 (金) 17:22:53 - ちょこ
ボスは浮世離れしたあまり好ましくない人物のように思えますが、それでも初心者も対象に含めた実験書を用意したこと、必要なものならば買っても良いという姿勢であること、ミッペールを準備するぐらいには何も考えていないわけではないこと、実験の具体的なことについて納得してから進めようとしていることなどから、まるでダメというわけではなさそうです。
お給料をもらいながらバイオ系の実習をしてよいなんて、ある意味ありがたいことのようにも思えてきました。研究の成功について責任もないわけですし。本気で知識と技術を獲得しようと努力するのであれば、得られるものは大きいのではないかと思います。

それで、やる気があるならば、「ここまでできるPCR」を前から30頁ほどきちんと読んだら良いと思います。コンタミネーションのことや、プライマーのこと、ゲノムを鋳型にしたPCRのことなど、必要な情報が手際よくまとめられていると思います。No.2697-79の情報も貴重ですね。
PCRについて学ぶのもの大事ですが、バイオ系の実験をしたことがなかったのであれば、溶液の取り扱いについても学ぶ必要があります。器具を汚染しないように使えないと、正しい実験データが得られません。さらに、溶液をきちんと混ぜるということも、初心者には難しいでしょう。バイオ実験イラストレイテッドの1巻か、それに類するものをきちんと読んで理解しておくべきです。イラストレイテッドの1巻に、オートクレーブについても載っています。(オートクレーブの値段はweb上で検索したらすぐ分かります。)

目先の実験については、プライマーを自前で設計したのであれば、そもそも上手く反応しないものである可能性があります。2697-118で挙げられているweb上のツールで確かめるぐらいはした方が良いです。それで充分では全然ありませんが。

既に幾つも指摘があるように、このトピックスの最初から読み直すことがとても大事だと思います。実験書等を参照しながら、たくさん寄せられた助言を咀嚼したら、良い方向に進める可能性が高いと私は思います。

(無題) 削除/引用
No.2697-136 - 2010/06/18 (金) 15:52:42 - だから
>ポジコン、ネガコンはないです

だから、それをTaqメーカーの技術担当者に電話して分与してくれないか相談してみればいいのに・・・。

お化けや幽霊かもしれないバンド(本来出るはずのないバンド)でも構わないから出るまで無計画に同じ実験を続けますか?

(無題) 削除/引用
No.2697-133 - 2010/06/18 (金) 15:19:46 - なんで
なんでそんなにオートクレーブにこだわっているのかよくわかりませんが。
とりあえず、このトピックスの最初から読み直して
全ての質問に答えを書いてみたらどうですか?
わからない事があればどこがわからないのか書いたり。
自分でも整理出来ると思いますよ。

(無題) 削除/引用
No.2697-132 - 2010/06/18 (金) 14:40:02 - 小鳥
素人に厳しい意見もありますが素人なので何が何だか判らなくて当たり前だと思います。
初心者が本1冊読んで何がわかるんですか?
我々の分野はそんなに甘くないですよね??
工学部出身者が独学で分子生物学は大変ですよ。いえ無理です。
ましてや理解が無い教授ときている。
よく今日まで頑張っていると思いますが早く転職してください。

工学部って言ってもバイテクでは無いんですよね?情報ですか?

転職先が見つかるまでの対応策として学内に詳しい人を探しに行くのが一番です。
仲間を探しに行きなさい。

(無題) 削除/引用
No.2697-131 - 2010/06/18 (金) 14:37:15 - あんこ
ポジコン、ネガコンの意味はわかりました。
DDD様ありがとうございました。
私は経理などの雑務もしなければならないので、あれもこれもでバタバタです。
また先生のOKが出ないと実験を進めることが出来ません。
試薬が必要な意味、取り扱いの注意事項などなど細かに説明が必要です。
お互いに素人ですので時間がかかります。
毎回了解を得られるまでにも時間がかかり今日です。
お手間をとらせました。
レスありがとうございました。

皆様もありがとうございました。
今PCRにかけました。
オートクレーブが無いので不安もありますが・・・。

もう駄目だわww 削除/引用
No.2697-130 - 2010/06/18 (金) 13:22:42 - DDD
>ポジコンとネガコンは無いです。
>PCRは今日、今からやってみます。


そもそも今回の場合のポジコン、ネガコンの意味分かってる?
それに質問してから10日以上経つのに今からやってみます?ww


>経験をつまれた諸先生方にくらべたら、本当に小学生レベルです

この掲示板での対応を見てると、実験レベル云々以前の問題で
人として小学生レベルに見えますよ

理解できない内容を返信されているなら、理解できないと答えるべきだし
頂いたアドバイスに対して、無視しているものがあるのも問題でしょう

私の書き込みはこれで最後にします


これまでのやり取りを見て、それでもアドバイスする人なんているのか〜?
実験頑張ってください

(無題) 削除/引用
No.2697-129 - 2010/06/18 (金) 13:05:49 - あんこ
ポジコンとネガコンは無いです。
PCRは今日、今からやってみます。

>だから勉強不足で、何が何やらわかっていないんだって。
まさにそのとおりで返す言葉がありません。
経験をつまれた諸先生方にくらべたら、本当に小学生レベルです。
そもそもPCRって単語すら知りませんでした。

(無題) 削除/引用
No.2697-128 - 2010/06/18 (金) 08:39:35 - いやはや
だから勉強不足で、何が何やらわかっていないんだって。

(無題) 削除/引用
No.2697-127 - 2010/06/17 (木) 23:20:58 - っていうか
ゲノムとってPCRをやってたと思うのですが
その結果は出たのでしょうか?
それでこのトピは解決なのでは?

(無題) 削除/引用
No.2697-126 - 2010/06/17 (木) 21:49:15 - stupid
ポジティブコントロール、ネガティブコントロールさえ置けば、かなりの問題が一気に解決するのに、それをしないことが疑問です。

一ヵ月後も同じところで止まっている予感がします。

あと、プライマーのチェックというのはTm値や構造のほかに特異性を確認しろと言っているのだと思いますよ。

しかし 削除/引用
No.2697-123 - 2010/06/17 (木) 20:47:34 - ami
どうしてそれぞれの方のそれぞれの提案や質問に対して、個々に一つ一つ答えないのですか?

(無題) 削除/引用
No.2697-122 - 2010/06/17 (木) 20:04:19 - ちろる
みなさんのご指摘のうち、実に都合よく返信なさるなと感じますが。


「大学内の学部に、工学部以外の生物系の学部はないんですか?」

この手の質問に答えて下さらないのは、言外に無いと伝えてるおつもりなのか、掲示板のやり取りで解決できそうな気配だから調べてないのか、どちらですか?

あんこさんのコメントに、「迷惑」というよりは「困惑」です。
答えていただければ事態が前進しそうな内容の質問にあまり答えていただけないので。

(無題) 削除/引用
No.2697-121 - 2010/06/17 (木) 18:45:19 - あんこ
ぶん様
具体的に教えてくださり、ありがとうございます。
大変ためになりました。
プライマーの確認をしたらあっていました。

動物の血液が付着した紙などはミッペールと呼ばれる白いプラスチック製の箱に入れて捨てています。
そうするよう指示されました。

動物は、殺すのを前提にしていれば飼ってもいいそうです。
具体的な約款をみたわけでは無く、また聞きですのでなんとも言えませんが。

DDD様
私の投稿がご迷惑なのは重々承知しております。
勉強したとは言え小学生が突然本を読んだ状態です。
賢く無いので1ミリづつ進んでします。

(無題) 削除/引用
No.2697-120 - 2010/06/17 (木) 18:08:59 - 大変なのはわかるけど
>欲しいDNA配列は解っているので、その両端から単純にA-T、G-Cと並べていけばいいと思ったのですが正しいですか?

そんな簡単ではないです。基本的にはプライマー3のようなサイトを使って候補となる配列を設計しますが、最後は実験者が一番良いものを判断します。
マンションの設計図を作るように熟練を要する作業です。

研究の守秘義務の関係で、ここで遺伝子名や目的部分を挙げるわけにいかないでしょうから、
できないことはできないと伝え、できない部分は専門の研究者もしくは専門の業者への外注をしてもらうようにお願いしましょう。

設計と合成だけならそれほど高くないです。1週間の人件費のほうが高いはず。

削除/引用
No.2697-119 - 2010/06/17 (木) 15:00:49 - DDD
>ここ最近、教えていただいたサイトや本を読みかなり勉強になりました。
単語の意味を調べPCRの原理も学びました。

ならプライマーの設計や配列のこともわかるのでは?

とりあえず、最低限の知識を身につけてもらわないと、どうにもなりませんよ…

おそらく、この質問に対しても親切な誰かが答えてくれるんでしょうが
あなたが理解できるとは思いません
質問も抽象的すぎて、何を言いたいのやら…


変な教授の下で働かされて大変なのはわかりますが、あなたの愚痴のはけ口にこの
掲示板を利用されている印象を受けてしまいます

身近に相談者を見つけられないようなら、ここにいる大勢の親切な人の中から
メールで直接アドバイスもらえる人を探してみればどうでしょう?
そうすれば、あなたのレベルで理解できるように説明してもらえると思いますよ

(無題) 削除/引用
No.2697-118 - 2010/06/17 (木) 15:00:13 - ぶん
例えば

AAAAAAATGC~~~~~~~~~~GATGCCCCCCC
という断片を増やしたければ プライマーは

AAAAAAAATGCとGGGGGGGCATCの二本です。
プライマーの末端がGかCである方が望ましいです。
Tmをhttp://www.sigma-genosys.com/calc/DNACalc.asp
このサイトで調べてみてください。

Tm以外にも二次構造の作りやすさ (Sec. Str.)
とプライマーダイマーが出来やすいかどうか( Primer Dimer)も
調べられます。
これがhighとかyesだとそのプライマーはあまり良い物ではないと思われます。
Tmは二本が近いぐらいの温度で大体50~65℃ぐらいが良いのではないでしょうか?


遺伝子組み換え動物を普通に実験室で飼ってたら
かなり問題なのでは?と思いますけど。
普通の大学なら先生の責任問題に発展してしまうと思います。
それに、マウスのしっぽとか血液はどうやって捨ててますか?
まさか普通のゴミに捨ててないですよね?
PCRした後のものとかも産廃に捨てなきゃいけないと思うんですが
大学によって違うかもしれませんが。

(無題) 削除/引用
No.2697-116 - 2010/06/17 (木) 14:28:10 - あんこ
動物実験施設は整備されていませんので今は機器が置いてある部屋で飼っています。
学内にあるかも知れないので聞いてみます。

プライマーについて教えてください。
先生がプライマーの配列が悪いのでは?とおっしゃいました。
あなたが購入したんでしょ!?と思いながら再確認するよう命じられました。

欲しいDNA配列は解っているので、その両端から単純にA-T、G-Cと並べていけばいいと思ったのですが正しいですか?

(無題) 削除/引用
No.2697-115 - 2010/06/17 (木) 14:22:52 - ぶん
マウスはどうやって飼ってるんでしょうか?
大学なら動物実験施設で飼うのが当たり前なんですが
やっぱり研究室で飼ってるんですかね?
調べてみて構内に動物実験施設があればそこに行って
そこでマウスいじってる人を捕まえて色々教えて貰うと良いかも

(無題) 削除/引用
No.2697-114 - 2010/06/17 (木) 09:23:30 - ami
> 小学生にもできるって言っている教授自身、それができない教授の言うことなど気にする必要なし。

生物学実験は小学生にもできる + 教授は生物学実験ができない ・・・

三段論法的には ・・・

おそろしやおそろしや。

(無題) 削除/引用
No.2697-113 - 2010/06/17 (木) 08:55:12 - ばいや
小学生にもできるって言っている教授自身、それができない教授の言うことなど気にする必要なし。

今の仕事をしながら、次を探すのがよろし。

あとは自分の成長や納得のために、ある程度勝手にPCRをやって成功してみるべし。まずはコントロールのプラスミドとそのプライマーを業者に言ってどこからか手に入れてみては。

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