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脂肪細胞のRNAが分解されてしまう トピック削除
No.2665-TOPIC - 2010/06/02 (水) 00:00:46 - 脂肪細胞RNA
いつも参考にさせてもらってます。

脂肪細胞からRNAを頻繁に抽出しているのですが、ここ最近分化誘導後のRNAサンプルのみ分解を受けてしまうようになってしまいました。
今までは大丈夫でしたので、試薬のコンタミ等を疑いましたが、新しい試薬・キットを使っても結果は芳しくありませんでした。
どうしたらいいか見当もつかず、困っております。
今まで大丈夫だったのに何故ここ最近だけ・・・というのも気になっております。
アドバイス頂けたらと思います。

プロトコールは、

TRIzolで細胞を懸濁(300ul-12 well plate, 500ul-6 well plate)
→クロロホルム添加・混和
→遠心(15000rpm 15min 4℃)
→上清回収
→70% EtOHと混和
→RNeasy mini columnにアプライして、キットのプロトコール通りに抽出

です。

それでは宜しくお願い致します。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.2665-4 - 2010/06/04 (金) 23:02:14 - 脂肪細胞RNA
TRIzolの量を増やしたら(12wellプレートで500ul)、綺麗に回収できました。
どうやらTRIzol量が少なくて、タンパクの変性がうまくいってなかったようです。

アドバイスありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.2665-3 - 2010/06/03 (木) 01:49:27 - 脂肪細胞RNA
>emaさん

>分化誘導後の回収時間が遅く、死細胞、障害をうけた細胞が多くなり、取る前に一部のRNAが分解してしまっている集団細胞検体という可能性

RNAが分解してしまうようになったのはここ1ヶ月の話で(3回回収しました)、それ以前は大丈夫だったので・・・(分化誘導の方法・回収時間も同じです)
うーん、どうなんでしょう??

あさってに新しく分化誘導した細胞を回収するので、とりあえず加えるTRIzolの量を倍にしてやってみたいと思います。
結果も報告しますね。

とりかたではなく 削除/引用
No.2665-2 - 2010/06/02 (水) 10:45:03 - ema
>分化誘導後のRNAサンプルのみ分解

でのみ分解してるというなら、RNAの”とりかた”ではなくて分化誘導後の回収時間が遅く、死細胞、障害をうけた細胞が多くなり、取る前に一部のRNAが分解してしまっている集団細胞検体という可能性はないのでしょうか?

脂肪細胞のRNAが分解されてしまう 削除/引用
No.2665-1 - 2010/06/02 (水) 00:00:46 - 脂肪細胞RNA
いつも参考にさせてもらってます。

脂肪細胞からRNAを頻繁に抽出しているのですが、ここ最近分化誘導後のRNAサンプルのみ分解を受けてしまうようになってしまいました。
今までは大丈夫でしたので、試薬のコンタミ等を疑いましたが、新しい試薬・キットを使っても結果は芳しくありませんでした。
どうしたらいいか見当もつかず、困っております。
今まで大丈夫だったのに何故ここ最近だけ・・・というのも気になっております。
アドバイス頂けたらと思います。

プロトコールは、

TRIzolで細胞を懸濁(300ul-12 well plate, 500ul-6 well plate)
→クロロホルム添加・混和
→遠心(15000rpm 15min 4℃)
→上清回収
→70% EtOHと混和
→RNeasy mini columnにアプライして、キットのプロトコール通りに抽出

です。

それでは宜しくお願い致します。

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