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確かに 削除/引用 No.2661-4 - 2010/06/01 (火) 11:03:16 - GB250 Kozacが万能、というわけではないでしょう。しかもアレは発現強度を現しているわけではなく、出現頻度の統計にしか過ぎないわけですし。 単純に発現強度とKozacを比べることは出来ないと思います。 が、、、どうしても変えられない配列なら仕方ないですが、PCR cliningの時に自由に変えられるような配列なら、-3にAを入れておいた方が無難ではないでしょうか？少なくともわざわざKozacを外すposiviveな理由が見当たらないので。 残念ながら、私もKozacと発現強度を調べた報告は知りません。誰か知っていたら教えてくれると嬉しいですね。。。

(無題) 削除/引用 No.2661-3 - 2010/06/01 (火) 10:30:50 - Marilyn 確かに-3の位置にTがくるのはKozak的には効率が低いことになりますが、endoのタンパクでもかなり多くのものがここにTを持っていて、高い発現効率を持つ場合もまったくめずらしくもありません。それでも失敗するといやなので、設計するときはなるべくKozakにあうように作ってますが、実際に作ってみるとプロモーターとの関係、他の周辺配列の関係で、開始コドンの認識効率はかなり変わるように感じています。 そもそもKozakの元データもall or noneになることを示したわけではないので、たとえばCMVで駆動されてリボソームのスキャンが猛烈な回数起これば、開始コドンの認識効率の3-4倍程度の違いはあまり関係ないのかなと思ったりもします。ただ、そういう古いデータしか知らないのですが、bioinformatics的にはKozak配列はどれくらい正しいのでしょうか？最近のそういう研究があれば、知りたいところです。

Kozac 削除/引用 No.2661-2 - 2010/06/01 (火) 08:19:06 - GB250 First Met前後のKozac sequenceは大丈夫ですか？ 見たところ、あまり大丈夫そうではありませんが。 私はいつも出来る限りAxxATGG...という最高頻度の配列になるようにしていますが、4番目の塩基がGじゃない場合もあります。それでも-3は必ずAにしています。PCRでcloningする際に、5’側のprimerにいつもACCを付けていますので、...ACCATGx....となります。 tortueさんの配列を見てみると、-3はTですがこれは最も低頻度な配列ですので、私は終止コドンよりよっぽどこちらの方が気になります。 ところで、私はFirst Met前の終止コドンはむしろ歓迎です。変な産物が出来る可能性が減りますし。

ファーストMetのすぐ前の終止コドン 削除/引用 No.2661-1 - 2010/06/01 (火) 00:03:09 - tortue お世話になっております。 遺伝子を異なる発現ベクターにのせかえる時に、fill-inして平滑末端にしていれようと考えていますが、その場合5'側のジャンクション部分に終止コドンが出来ます。この終止コドンのフレームで+4から遺伝子のファーストMetがスタートしますが、この場合遺伝子発現に何か問題ありますでしょうか？具体的にはこんな感じになります。 ... TGA TCC ATG .... 大丈夫だとは思っているのですが、もし問題がある（或いは大丈夫だった）という経験をお持ちの方がいらっしゃいましたら教えて頂けませんでしょうか？

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