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SW102でのhomologous recombination トピック削除
No.2660-TOPIC - 2010/05/31 (月) 21:21:19 - サイバー
教えて頂きたいのですが、今、SW102へtransferしたBAC DNAのうち、
homologous recombinationを用いて50kbp程度のrecombinationを起こそうと
考えています(homology arm自体は3〜4kbpです)。

実際このようなcounter selectionは可能なのでしょうか。
ご経験等ございましたらご教授頂けましたら幸いです。
 
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>~さんありがとうございます 削除/引用
No.2660-3 - 2010/06/01 (火) 00:24:42 - サイバー
早速のご回答恐縮でございます。

実はtransgenic miceを作製するにあたり、過去の論文の追試を行おうと
考えているのですが、論文のものと同じBAC cloneは既に販売されておりま
せん。
その論文では36kbp程度の目的のgene fragmentの両側にもともとある
2ヶ所のSwaT siteで切り出してTg miceを作製しているのですが(BAC cloneそのままの打ち込みではうまくいかなかったようです)、今手元
にあるBAC cloneでは同じ制限酵素siteが他部位にあり、切り出された他のsegmentが目的のfragmentとほぼ同長となってしまうため、このサイト(約50kbp)を抗生剤カセット等にそのまま置き換えてcounter selectionでそのままdeletionしてしまおうと考えています。

ちなみにご教授頂いたrecombination protocol #3を踏襲してconstruct作製を行っております。
通常のBAC protocolではirregularなことなのかもしれません・・・。
どうもありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.2660-2 - 2010/05/31 (月) 22:02:45 - ~
そんなにホモロジーアームはいらないのでは?
http://genome.med.yale.edu/images/8/86/BAC_Protocol3_SW102_galK_v2.pdf

少なくともこちらであれば、うまくいったことがあります。
http://www.springerlink.com/content/5724x82418139845/

SW102でのhomologous recombination 削除/引用
No.2660-1 - 2010/05/31 (月) 21:21:19 - サイバー
教えて頂きたいのですが、今、SW102へtransferしたBAC DNAのうち、
homologous recombinationを用いて50kbp程度のrecombinationを起こそうと
考えています(homology arm自体は3〜4kbpです)。

実際このようなcounter selectionは可能なのでしょうか。
ご経験等ございましたらご教授頂けましたら幸いです。

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