R様 とおりすがり様
お返事ありがとうございます。
> ＞なら、wtとkoを一般的な培養条件でのみ比較されたらどうですか。
>> そうですね。私もそれがいいと思います。
無刺激のサンプルを比較するなら１０％血清の方がやはりいい感じがしますよね。根拠もないしスタンダードかどうかもわかりませんが。
> 血清飢餓無刺激が必要である合理的な理由は,「全ての実験には適切な対照区が必要である」じゃダメですかね？
当たり前の一般論いわれても合理的でもないし、もっと具体的にいっていただけるとありがたいのですが。
本当に血清飢餓無刺激は適切な対象区でしょうか？血清飢餓無刺激の結果がコントロールとして機能する場合って具体的にどんな場合ですか？
場合分けして考えればすぐわかると思いますが、結局次のリアルタイムにまわす分子の選択において大して役に立ちません。
血清飢餓tgf-bで発現量に大差がついた分子があったとします。血清飢餓無刺激で差がなかったまたは同様に大差がついた場合は下に書いた通りの理由で、結局血清飢餓無刺激おいても次にまわす分子の選択は変わりません。では反対の結果例えば血清飢餓無刺激でkoでは発現がすごい弱くて、血清飢餓tgf-bではkoで発現が強くなる分子、これはなんかうまく説明できない感じがしますね。じゃあ次にまわさずに捨てますか？１位だったとしても？
結局大差がついていれば次にまわして確認するということになると思うのですが。血清飢餓無刺激があれば次に回したとき無刺激がアレイと同様の結果かどうか再現性がすぐみれるという利点はありますが、それはリアルタイムの時に再現性をみれば済む話です。また事前に怪しいと思っていれば固執せずすぐ捨てられるという利点もあるかもしれません。しかしそれもアレイを１セット使ってまで追求する利点と思えません。
結局私のケースでは血清飢餓tgf-bのコントロールとして血清飢餓無刺激は重要ではないと思います。
まあとりあえず１０％血清無刺激のwtとkoだけマイクロアレイして、次はそれから考えるというのはひとつの手ではありますね。
長々と読んでいただき有り難うございました。 |
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