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RNAの精製に使う塩 トピック削除
No.253-TOPIC - 2009/03/30 (月) 17:42:48 - transplant
A Simple Method for RNA Purification from In Vitro Transcription Reactions(Epicentre Forum 1996,Epicentre Technologies)
にある精製法についてお聞きします。

塩化リチウムをアルコール無しでRNA沈殿させるものがありますが、このプロトコルは、酢酸アンモニウムを使いエタノール無しで核酸を沈殿させる方法です。

塩化リチウムに関しては以前のトピに解説がありますが、酢酸アンモニウムについては有効な情報が見当たりませんでした。
原理、効果などについて、ご教授ください。

http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech2/biotechforum.cgi?mode=view;Code=1997


勝手な予想ですが、リチウムを使う場合と異なり、タンパクの除去効果が
薄い気がします。どうでしょうか??
 
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(無題) 削除/引用
No.253-4 - 2009/03/31 (火) 15:02:12 - Pumpkin
tp://arb-ls.com/products/epicentre_forum/3_3.pdf

エタノール沈澱との比較で、この方法は早いと言っていますから、確かにアルコールを使わないんでしょうね。DNAや蛋白質を除去できて、かつ100bp以上のRNAの回収率は100%だとも言っていますよね。今度、RNAを取るときに並行してやってみますね。基本、カラム精製なんで、後学のためにやってみますね。

>注意書きには、フレッシュな酢酸アンモニウムを使え!とだけ

モレクロの酢酸アンモニウム水溶液の調製のところにも書いてありますが、NH4Acはオートクレーブなどによって分解されますし、そもそも徐々に分解が進むので4度C保存が推奨されています。そういうことの注意書きでしょう。

(無題) 削除/引用
No.253-3 - 2009/03/30 (月) 18:39:08 - transplant
僕も初めてみたときは、普通のアンモニウム塩のアルコール沈殿の誤植かな?と思い記述元を漁ったところ、やはりまんまでした。

注意書きには、フレッシュな酢酸アンモニウムを使え!とだけ。
プロトコル自体が誤植?んなことは無いでしょうけど。。。

(無題) 削除/引用
No.253-2 - 2009/03/30 (月) 18:30:11 - Pumpkin
4〜5MのNH4AcとEthanolを用いたアルコール沈澱では、小分子DNAやdNTPなどが落ちにくいために、これらを除きたいときには良く使われますよね。RNAでも同様です。DNAなんかではNH4がある種のライゲーション反応を阻害するので、よく洗浄する必要があります。

で、NH4AcだけでRNAを沈澱させる方法、勉強不足で知りません。というか、本当にそれで落ちてくるのでしょうか。メリットはなんだろう。大体、その論文には何も記載がないのですか?

RNAの精製に使う塩 削除/引用
No.253-1 - 2009/03/30 (月) 17:42:48 - transplant
A Simple Method for RNA Purification from In Vitro Transcription Reactions(Epicentre Forum 1996,Epicentre Technologies)
にある精製法についてお聞きします。

塩化リチウムをアルコール無しでRNA沈殿させるものがありますが、このプロトコルは、酢酸アンモニウムを使いエタノール無しで核酸を沈殿させる方法です。

塩化リチウムに関しては以前のトピに解説がありますが、酢酸アンモニウムについては有効な情報が見当たりませんでした。
原理、効果などについて、ご教授ください。

http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech2/biotechforum.cgi?mode=view;Code=1997


勝手な予想ですが、リチウムを使う場合と異なり、タンパクの除去効果が
薄い気がします。どうでしょうか??

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