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免疫沈澱のlowPH buffer溶出後について トピック削除
No.2501-TOPIC - 2010/05/03 (月) 23:28:11 - Monmon
Co-IP後にLCMSMS解析で結合蛋白質の同定を行おうとしております。
IPの溶出で抗体のコンタミを防ぐにはlow pHのbufferによる溶出が最適と言われていますが、low pHの溶出ではどうしても溶出液のvolumeが大きくなってしまいます。SDS pageのwellの大きさにも限りがありますし、その後のLCMSMS解析を考えると、なるべく濃い濃度を維持したいのですが、どなたか良い方法をご存知ないでしょうか?Strataclean等で溶出液の濃度を濃くすることなどは有効でしょうか?比較サンプル数が多いため、あまりステップを増やて誤差を大きくしたくはないのですが。
 
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No.2501-4 - 2010/05/06 (木) 17:46:23 - Kanata
お使いのプロトコールがわからないのですが、
IP後にSDS-PAGEにかけるなら、low-PHの状態から
サンプルバッファーに交換しないとだめですよね。
モモさんお勧めのようにアセトン沈殿をしたり、
カラムでバッファー交換をするのが良いかと思います。

どちらにしても、何かステップを増やすとどうしてもロスが
出てしまいます。

ちなみに、SDS-PAGEにかけて、ゲル内消化してからMSですよね?
いきなりMSで蛋白のままで測定するわけではないなら、SDS-PAGE
にアプライできるボリューム、pHを考えればよいと思います。
もしもCo-IP後いきなりMSならば、使っている酸にもよりますが、
酸性溶液でボリュームさげればなんとかなるかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.2501-3 - 2010/05/06 (木) 13:19:20 - 中年
SDS-PAGEに掛けるサンプルなら、スピードバックなどで水を飛ばすのはいかがですか?

(無題) 削除/引用
No.2501-2 - 2010/05/06 (木) 12:53:57 - モモ
溶出後にアセトン沈殿するのはどうでしょうか?

免疫沈澱のlowPH buffer溶出後について 削除/引用
No.2501-1 - 2010/05/03 (月) 23:28:11 - Monmon
Co-IP後にLCMSMS解析で結合蛋白質の同定を行おうとしております。
IPの溶出で抗体のコンタミを防ぐにはlow pHのbufferによる溶出が最適と言われていますが、low pHの溶出ではどうしても溶出液のvolumeが大きくなってしまいます。SDS pageのwellの大きさにも限りがありますし、その後のLCMSMS解析を考えると、なるべく濃い濃度を維持したいのですが、どなたか良い方法をご存知ないでしょうか?Strataclean等で溶出液の濃度を濃くすることなどは有効でしょうか?比較サンプル数が多いため、あまりステップを増やて誤差を大きくしたくはないのですが。

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