BioTechnicalフォーラム [タンパク質データベース]

タンパク質データベース

No.250-TOPIC - 2009/03/29 (日) 18:48:56 - ぽちこ

タンパク質のデータベースの使い方？に関して質問させてください。
今回、とあるアミノ酸配列を持つタンパク質を網羅的に調べてみたいと思いました。
BLASTなどを用いて、そのアミノ酸配列を持つ蛋白質を引っかけようとしたのですが、
私がクエリーとして用いたアミノ酸配列がとても短かったため（１０アミノ酸くらいです）、
ヒットさせることができませんでした。
そもそも、今回ターゲットとした１０個くらいのアミノ酸配列を持つタンパク質なんていくらでもあるのでしょうが、何とかそれを調べる方法はないものでしょうか？
イメージとしては、すでに報告されている蛋白質のアミノ酸配列がずらっと書いてあって、
それをワードの検索みたいに調べられるようなものがあるといいなと考えているのですが・・・。

初歩的な質問で大変申し訳ありませんが、
おわかりになるかた、是非、教えてくださいませんか？
　

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ありがとうございました

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No.250-8 - 2009/04/02 (木) 10:35:32 - ぽちこ

Aさん、丁寧なご回答、大変ありがとうございました。

これで、また新たな一歩を踏み出すことができそうです。
大変助かりました。

これにて解決とさせていただきます。
また、何かありました際には、お世話にならせてください。

(無題)

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No.250-7 - 2009/03/30 (月) 22:26:14 - A

正直なところ私も詳しくは知りません。ただPAM30は短い配列を使って検索
する時に使うオプションだと知っているだけです。

http://www.jaici.or.jp/stn/pdf/para.pdf
をみると35よりも短い配列を想定しているようです。

あまり詳しくありませんが以下のサイトの「Q: Submitting primers or other short sequences」に説明があるようです。

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=FAQ

アミノ酸置換表につきまして

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No.250-6 - 2009/03/30 (月) 21:43:29 - ぽちこ

早速教えていただいた方法で試してみました。
期待値を大きくして、7アミノ酸をクエリーとして問い合わせてみたところ、
ばっちりと相同するアミノ酸配列を返してもらえました。

アミノ酸置換配列表ですが、これは、defaultのものを使っても、PAM30をつかっても
両方で相同アミノ酸が帰ってきました。

便乗の質問で大変もうしわけないのですが、
このアミノ酸配列置換表とはいったいどういうものなのでしょうか？
Defaultで設定してあるBLOSUM62とPAM30の間にはいったいどのような差があるのでしょうか？
いろいろアミノ酸配列置換表についてgoogleなどで調べてみたのですが、よくわかりませんでした。

お忙しい中、大変申し訳ありませんが、お教えいただけましたら幸いです。

感動です；；

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No.250-5 - 2009/03/30 (月) 21:19:22 - ぽちこ

こんな初歩的な質問に答えてくださる方がいらっしゃるのかな？
と思って、それでも期待しながら見に来てみたら、
こんなにも建設的な意見を出してくださって、大変感動しております。
早速、Aさん、A2さんが教えてくださった方法で検索をかけてみます！！

ほんとうにありがとうございました。

(無題)

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No.250-4 - 2009/03/30 (月) 17:25:04 - A2

Aさん、ごめんなさい。
たまたま同じ時間だったために、紛らわしくなりました

(無題)

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No.250-3 - 2009/03/30 (月) 17:21:24 - A

ヒットするかどうかは分かりませんが試してください。

http://blast.ddbj.nig.ac.jp/top-j.html

プログラム：blastpを選択
「より詳細な設定」の項目のうち、期待値の数値を大きく入力