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ペプチド濃度 トピック削除
No.2482-TOPIC - 2010/04/28 (水) 20:29:46 - かが
@タンパク質濃度1mg/mLの溶液をトリプシン消化した際に、トリプシン関連のものを無視した場合、ペプチド濃度は1mg/mLとなるのでしょうか?

ALowry法でペプチド濃度は測定できますか?
 
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(無題) 削除/引用
No.2482-4 - 2010/04/30 (金) 21:19:10 - qq
>ALowry法でペプチド濃度は測定できますか?
測定して出した値をみんなが許容しますかという意味であれば、あなた次第かも。
一方で、値が出るか(適当に発色するか)と言う意味なら、状況により異なります。
>@タンパク質濃度1mg/mLの溶液をトリプシン消化した際に、
の条件で良ければ、測定系によりますが、10ug(10ul)程度で充分測定可能なはずです。ただし、ペプチド試料からLowryの妨害物質を除去するのは大変^2困難でしょうから、条件次第です。例えば還元アルキル化したタンパク試料であれば、還元剤の残存はダメです。アルキル化剤の残りもLowryにどう作用するか私には判りません。TritonX100やNP40のコンタミには、SDSを入れる必要が有るでしょう。
トリプシン消化で使用するbufferが炭酸ナトリウムであれば、殆ど問題は無いと思います。炭酸アンモは、コントロールをとって確認してください。トリスの方が、炭酸アンモよりも安心かもしれません。SDSを添加してあったとしても、Lowryに大きな影響は無いでしょう。EDTA/DTT/カリウムイオン/TX100/特殊なフェノール化合物が無ければ良いと思います。
10ug程度の消化ペプチドをLowryに豪勢にかけることが出来る状況は、あまり無いかなとも思います。合成ペプチドの場合は、粗精製品では、thioanisolなんかが残っていそうでLowryに使えるとは思えません。HPLC精製したペプチド10ugをLowryに使うと場合によっては殴られるかもしれません。

以上、他の定量法を考える方が普通かもしれません。

(無題) 削除/引用
No.2482-3 - 2010/04/30 (金) 09:24:48 - ~
加水分解された分、18ずつ分子量は増えていくので、
厳密には(タンパク質を含めた)ペプチド重量は1mg/Lよりも増えるのでは。

(無題) 削除/引用
No.2482-2 - 2010/04/30 (金) 05:39:51 - Kanata
@蛋白質を100%酵素消化することはなかなかできません。得られた溶液は消化されてペプチドになったものと消化されなかった蛋白質の混合物となるため、1mg/mlのペプチド溶液とは言いがたいでしょう。

A試してみました?と、逆に質問してみます。Bradford法のプロトコールを見ると、ある程度大きなサイズのペプチドだと測れなくはないみたいですけど、私は使いません。

ペプチド濃度 削除/引用
No.2482-1 - 2010/04/28 (水) 20:29:46 - かが
@タンパク質濃度1mg/mLの溶液をトリプシン消化した際に、トリプシン関連のものを無視した場合、ペプチド濃度は1mg/mLとなるのでしょうか?

ALowry法でペプチド濃度は測定できますか?

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