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PCRの条件設定法について トピック削除
No.247-TOPIC - 2009/03/28 (土) 12:40:39 - らしでむ
ある論文で使用されていたものと同じ配列のプライマーを用いて、同一の温度条件でPCRを施行しましたが、目的の遺伝子の増幅ができませんでした。

PCRの至適条件を見つけるために反応液の調整をしようと思いますが、何から始めたらいいのでしょうか?
プライマーやDNAの濃度、dNTPやTaqポリメラーゼの量など、どのようにバランスさせたら良いのか、アドバイスをお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.247-4 - 2009/03/28 (土) 19:12:59 - zuum
よくあることじゃないですか?
論文に記載されている方法は、あくまでそのラボの条件ですし。
らしでむ さんが全く同じ設備を使用しても、
結果が違ってくることも良くあると思いますよ。

問題なのは、論文に記載されていない部分にあるのでは?
テンプレートの純度だとか、PCR 反応溶液の混ぜ具合だとか・・・。

PCR 条件を検討するのであれば、アニーリング温度を下げてみては?
もしくは、マグネシウム濃度を検討してみるのもいいかもしれません。


ちなみに、テンプレートの種類、ターゲットが GC rich かどうか、
ポリメラーゼの種類などの基本的な情報をお教え下されば、アドバイスもしやすいかと。

(無題) 削除/引用
No.247-3 - 2009/03/28 (土) 18:29:21 - み
templateのsourceは同じなのか?
同じで増えないのなら、RNAの質、逆転写反応が下手。
PCR反応では使用している酵素も同じなのか?
同じで増えないのなら、上記templateの問題の他に、良く混ぜ混ぜしていないから?
酵素が違えばかからなくても何も不思議ではない。

(無題) 削除/引用
No.247-2 - 2009/03/28 (土) 13:28:17 - ~
なぜ、はじめに反応液の組成を検討しようと考えているのかが分かりませんが。
PCRの温度条件はそれほど絶対的なものではありません。
論文で使われているサーマルサイクラーとあなたの使用しているサーマルサイクラーの型番が同じであったとしても、温度条件は検討に値すると思います。

これは増え方が大事なPCRなのでしょうか?それとも、増えればいいPCRなのでしょうか?
あなたの手持ちの鋳型が目的の配列を含むことはどのようにして確認しているのでしょうか?
あなたの手持ちの鋳型の精製度が十分であることはどのように確認しているのでしょうか?
酵素の変更は可能なのでしょうか?

>どのようにバランスさせたら
1つか2つの因子に注目して、それ(ら)の濃度を変化させた場合の結果を見ながら、変更をかけていきます。
3つ以上の因子を同時に検討するのはお勧めしません。サンプル数が跳ね上がります。

>何から始めたらいいのでしょうか?
増えればいいPCRであれば、
PrimeStarやLA-taq with GC bufferで試してみることをお勧めします。

PCRの条件設定法について 削除/引用
No.247-1 - 2009/03/28 (土) 12:40:39 - らしでむ
ある論文で使用されていたものと同じ配列のプライマーを用いて、同一の温度条件でPCRを施行しましたが、目的の遺伝子の増幅ができませんでした。

PCRの至適条件を見つけるために反応液の調整をしようと思いますが、何から始めたらいいのでしょうか?
プライマーやDNAの濃度、dNTPやTaqポリメラーゼの量など、どのようにバランスさせたら良いのか、アドバイスをお願いします。

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