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ありがとうございます 削除/引用 No.2462-3 - 2010/04/29 (木) 18:10:21 - いも プラ今さま。 お返事送れて申し訳ありません。 アドバイスありがとうございます。 ＞「ダイマー産物が混入している場合、 ＞ゲル抽などで目的のバンドを精製すれば解決する」 なるほど、研究室内でも （ゲル上では見ることが出来ないのですが）、 ダイマー産物の可能性を検討しています。 もう少し色々調べなおし手みたいと思います。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2462-2 - 2010/04/26 (月) 09:44:37 - プラ今 「3'プライマーが何らかの理由で変質してしまった」可能性はないとは言いきれませんが、低いでしょう。 ありがちなのは、鋳型ＰＣＲ産物に、３’プライマーがミスアニールする共通の配列がある場合です。その配列と、オリゴＤＮＡ配列の類似性にもよりますが、シーケンス反応のアニーリング温度を高めに設定することで回避できるかもしれません。 もしくは、３’プライマーだけで増幅する遺伝子産物や３’ダイマー産物が混入している可能性です。この場合は、ゲル抽などで目的のバンドを精製すれば解決できます。 いずれも、３’プライマーを別の配列で設計し直すことで解決できる場合もあります。 これ以外のレアケースも多々ありますが、実験の詳細や、元の生データがわからないとかえってミスリードすることにもなりかねませんので控えさせて頂きます。

5'プライマーと3'プライマー 削除/引用 No.2462-1 - 2010/04/26 (月) 04:59:47 - いも こちらのフォーラムでは、様々なトピックスに関して 色々と学ばせて頂いています。 大変初歩的な質問かもしれないのですが、 経験豊富な皆様のご意見が頂けたらと思います。 ただ今、600〜800bp位のPCR産物のシークエンシング (ABIのgenetic　analyzer使用)を行っています。 50ほどあるサンプルのシークエンスをPCRで増幅し、 同じPCR産物を用いて、それぞれ5'プライマーと3'プライマーを用いて 計100（50×2）程ののデータを得ています。 PCR産物精製後、精製されたDNAサンプルをシークセンサーに掛けています。 5'プライマーでは全てのサンプルから綺麗なクロマトグラムが見られるのに、 3'プライマーでは全てのサンプルに全く同じ様なノイズが入ります。 二つのサンプルの違いはプライマーだけです。 この様なことが起こるのは 「3'プライマーが何らかの理由で変質してしまった」 が理由なのでしょうか？ 新しく3'プライマーのみ注文しなおして シークエンシングをし直そうか考えています。 全く稚拙な文章で申し訳ありませんが、 皆様のご意見が頂けたらと思います。 よろしくお願いいたします。

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