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刧僂t法によるリアルタイムPCR解析 トピック削除
No.2458-TOPIC - 2010/04/24 (土) 02:43:25 - へのへの
単細胞からcDNAを合成し、realtime PCRを行っています。
この場合通常のcDNA合成とは違いmRNAの濃度は測らずにgenomic DNAをDNAseで処置してそのままcDNAを合成しています。
普通?リアルタイムPCRでは明らかに内部標準(今回はGAPDH)が多く存在し、目的遺伝子に対しCt値は少ないサイクル数となりますが、今回はあまり変わらないもしくは目的遺伝子の方がCt値が少ないという結果が出ました。
これはある細胞がその遺伝子を高発現していればそんなことがあるのでしょうか?

user bulluten#2も読みましたし、条件は満たしていると思います。
御意見よろしくお願いいたします。
 
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No.2458-4 - 2010/04/25 (日) 12:11:40 - pumpkin
>これはある細胞がその遺伝子を高発現していればそんなことがあるのでしょうか?

他のお二方が言っておられるように、「普通に」あることです。

内部標準遺伝子は、比較したいステージで同レベルに発現していることが求められているので、強発現しているものとは限らないです(もちろん、あんまり少ないとぶれるし、そういうものは同レベルに発現していることが少ない)。なので、単一の遺伝子だけを内部標準に使うとよくない場合もあるので呼び実験として、どれを内部標準として使うべきか考える必要があります。

(無題) 削除/引用
No.2458-3 - 2010/04/24 (土) 20:07:12 - 千歳飴
ある種のハウスキーピング遺伝子より発現量の多い遺伝子の定量を行ったことがあります。

へのへのさんの実験の場合、PCR効率がほぼ理論値であり且つ定量PCRの前に偏りのある増幅を行っていないとするならば、GAPDHよりも目的遺伝子が高発現なのだと思われます。

(無題) 削除/引用
No.2458-2 - 2010/04/24 (土) 19:26:58 - 理論的には
そうだと思いますよ。

私も同じような体験があります。

刧僂t法によるリアルタイムPCR解析 削除/引用
No.2458-1 - 2010/04/24 (土) 02:43:25 - へのへの
単細胞からcDNAを合成し、realtime PCRを行っています。
この場合通常のcDNA合成とは違いmRNAの濃度は測らずにgenomic DNAをDNAseで処置してそのままcDNAを合成しています。
普通?リアルタイムPCRでは明らかに内部標準(今回はGAPDH)が多く存在し、目的遺伝子に対しCt値は少ないサイクル数となりますが、今回はあまり変わらないもしくは目的遺伝子の方がCt値が少ないという結果が出ました。
これはある細胞がその遺伝子を高発現していればそんなことがあるのでしょうか?

user bulluten#2も読みましたし、条件は満たしていると思います。
御意見よろしくお願いいたします。

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