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シークエンス解析について
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No.2451-TOPIC - 2010/04/23 (金) 13:55:44 -
agri
先日DNAのシークエンス解析を行いました。
結果が、出て配列を分析しようと思いましたが、機械が出してくれた配列は、相補配列として出てくるのでしょうか?
つまり、用いたプライマーがAGTCならば、AGTCという配列スタートで表示されるのでしょうか?
あるいは、最後の部分がTCAGとして表示されるのでしょうか?
初歩的な質問ですが、どうぞよろしくお願いいたします。
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No.2451-3 - 2010/04/23 (金) 17:00:12 -
5'-sequence-3'
大抵、プライマーが5'-AGTC*******-3'ならAGTC****の方向に読まれていきます。ついでに私が使っているシークエンサーはプライマーの50bpぐらい3'方向に進んだところから読まれ始めます。
(無題)
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No.2451-2 - 2010/04/23 (金) 14:44:37 - ~
相補鎖に変換してくれる設定を見たことがありませんが、
あなたの場合はその設定があり、使っているかもしれません。
貴方の使っているシークエンサーのマニュアルと解析ソフトの設定を見ないかぎりは、
貴方が得た情報がどちらなのかを確認することは出来ないのでは?
シークエンス解析について
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No.2451-1 - 2010/04/23 (金) 13:55:44 -
agri
先日DNAのシークエンス解析を行いました。
結果が、出て配列を分析しようと思いましたが、機械が出してくれた配列は、相補配列として出てくるのでしょうか?
つまり、用いたプライマーがAGTCならば、AGTCという配列スタートで表示されるのでしょうか?
あるいは、最後の部分がTCAGとして表示されるのでしょうか?
初歩的な質問ですが、どうぞよろしくお願いいたします。
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