BioTechnicalフォーラム [Reverseシークエンスの読み方]

Reverseシークエンスの読み方

No.2397-TOPIC - 2010/04/14 (水) 19:13:30 - ヤマリュー

初めまして。
初歩的なことをお聞きしたいのですが、ある遺伝子のアミノ酸配列を読みたいのですが、今表から読み取ったアミノ酸は読めたのですが、確認のために行った裏からの塩基配列をアミノ酸に翻訳したのですがどう読んだらいいのかわからなくて困っています。
ちなみに、読みたい遺伝子は既知のもので自分の精製した遺伝子のアミノ酸配列が既知のものと同じかを確認したいです。おもてから読んだものの場合、精製した遺伝子をシークエンサーで読み、それをアミノ酸翻訳し、既知の遺伝子をアミノ酸翻訳したものとをアラインメントにかけて等しいかを確認しました。しかし、うらから読んだものの場合は翻訳した際に出てくる6種のアミノ酸配列のうちReverseのものを使えばいいのか、裏から読んだそのもののアミノ酸配列を使えばいいのかわからず迷っています。

どなたか教えて頂けないでしょうか？
　

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No.2397-12 - 2010/04/16 (金) 09:39:57 - ヤマリュー

はい、理解できました。ありがとうございました！！
一応学部生です。遺伝子はほとんどやったことがなく、突然やることになったので困っていました・・・

学部生かな？

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No.2397-11 - 2010/04/15 (木) 20:39:31 - DDD

もう理解したかと思うから余計なお世話かもしれないけど、
紙に書いて考えてみるといいよ。
ATG AAA TTT CCC GGG AAA TTT CCC GGG　…
TAC TTT AAA GGG CCC TTT AAA GGG CCC …

forwardから読むと
ATG AAA TTT CCC GGG AAA TTT CCC GGG　…

reverseから読むと
… CCC GGG AAA TTT CCC GGG AAA TTT CAT

forwardから読もうが、reverseから読もうが同じ産物にならないと
いけないわけだから、どうすればいいかはわかると思います。

アミノ酸に変換してからアライメントかけてもいいし、
別に塩基配列のままかけて、変異が見つかってもサイレント変異かの
確認をすればいいだけ。

(無題)

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No.2397-10 - 2010/04/15 (木) 18:19:38 - ヤマリュー

はい、わかりました。

目的のものは既知のものなんですけど、今サンプルとしているものの遺伝子配列（少なくともアミノ酸配列）がそれと一致していることを確かめたいのです。

(無題)

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No.2397-9 - 2010/04/15 (木) 18:07:10 - ばいや

センス鎖をみないとダメです。

大体既知の遺伝子をアミノ酸に変換してそれをアライメントするとはなにゆえ？

4月だからか・・・

(無題)

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No.2397-8 - 2010/04/15 (木) 17:29:17 - ヤマリュー

ということは、うらから読んだものは相補的な塩基配列に変換してからアミノ酸翻訳し、アラインメントにかけるということで合っていますか？