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qRT-PCRで鋳型量を合わせないでGAPDHで補正する
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No.2388-TOPIC - 2010/04/13 (火) 13:26:39 - はやし
非常に、初歩的すぎる質問で恐縮です。
タイトル通りなのですが、qRT-PCRを行う際に鋳型量を合わせないでGAPDHで補正して発現量を比較検討することは、技術的に正しいでしょうか?例えば、発現量が非常に少ない遺伝子の場合などは、通常の差と相関しないように思いますが、ご意見お願い致します。
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解決しているのにすみません
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No.2388-5 - 2010/04/23 (金) 16:57:36 - けっちん汁
No.2388-2 - 2010/04/13 (火) 13:45:13 - 細胞
そのhouse keeping geneがサンプル間で全RNA中に占める割合が同じということに信頼が持てればそれでいいでしょう。
house keeping geneは異なる試験系の細胞間で「全RNA中に占める割合が同じ」なのですか?
つねに一定の割合で発現している遺伝子
全RNA中に占める割合が同じ遺伝子
では意味がかわってきますよね
自分は前者だと考えています
が、実際はどうなのでしょうか?
ありがとうございました
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No.2388-4 - 2010/04/22 (木) 22:52:14 - はやし
そうですよね、スタンダードカーブを引いて信頼できる測定領域を把握しておきます。
(無題)
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No.2388-3 - 2010/04/13 (火) 14:18:48 - Pumpkin
ある程度恒常的に発現している事が実験的に確かめられているhouse keeping gene2つで補正することによって可能かと思います。
が、発現量を知りたい遺伝子が計測した時の鋳型量で問題なく計測できる範囲なのかは、スタンダードカーブを描いて見ておく必要があります。この時に、鋳型を希釈するので、鋳型量も合わせればよいと思います。比較したい鋳型量があんまりに違うと当然PCR効率なども変わってきますから、あんまり賛成できません。
(無題)
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No.2388-2 - 2010/04/13 (火) 13:45:13 - 細胞
そのhouse keeping geneがサンプル間で全RNA中に占める割合が同じということに信頼が持てれば
それでいいでしょう。
ちなみに私はそれでやってます。
qRT-PCRで鋳型量を合わせないでGAPDHで補正する
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No.2388-1 - 2010/04/13 (火) 13:26:39 - はやし
非常に、初歩的すぎる質問で恐縮です。
タイトル通りなのですが、qRT-PCRを行う際に鋳型量を合わせないでGAPDHで補正して発現量を比較検討することは、技術的に正しいでしょうか?例えば、発現量が非常に少ない遺伝子の場合などは、通常の差と相関しないように思いますが、ご意見お願い致します。
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