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promoter領域に結合する転写因子の調べ方について トピック削除
No.2382-TOPIC - 2010/04/12 (月) 21:46:13 - Hachi
宜しくお願い致します.

HumanのCCN2(あるいはCTGF:connective tissue growth factor)という
遺伝子について研究している大学院生です.

この遺伝子のpromoter領域(5’領域?)に結合する転写因子と
その配列の候補は何があるか調べたいと思い,
バイオインフォマティクス関連の書籍を購入し,
そこに記載のデータベースなどで,調べようと思ったのですが,
本に書いてあるサイトにアクセスすると現在はfree softではなかったり,
また,英語で書いてあるため内容がよくわからず,結局調べることができ
ない状態です.
なので,教えて頂きたく,このフォーラムに投稿させて頂きました.

現在,CCN2の転写開始点から5'領域の約2000bpを組み込んだplasmidを
持っています(もちろん自分で作ったわけではありませんが).
この領域に結合する転写因子を調べたいと考えています.

何とぞ御教示のほど宜しくお願い致します.
 
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cisRED 削除/引用
No.2382-4 - 2010/04/14 (水) 09:46:25 - た
似たようなものですが。
http://www.cisred.org/

(無題) 削除/引用
No.2382-3 - 2010/04/13 (火) 18:14:27 - Hachi
TS様

ご教示頂きありがとうございました。

TESSを使いこなせるよう学んでいこうと思います。

(無題) 削除/引用
No.2382-2 - 2010/04/12 (月) 23:10:02 - TS
TESS
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess

英語が問題となるのは、自己解決してもらうしかないと思います。
今後の研究ためにも、少し時間をかけてでも、理解できるようにした方がよいと思います。

念のためですが、
これらプログラムは、可能性のある転写因子候補を挙げてくれますが、
実際に候補とされた転写因子が機能するかどうかは、
別途検証する必要があります。

promoter領域に結合する転写因子の調べ方について 削除/引用
No.2382-1 - 2010/04/12 (月) 21:46:13 - Hachi
宜しくお願い致します.

HumanのCCN2(あるいはCTGF:connective tissue growth factor)という
遺伝子について研究している大学院生です.

この遺伝子のpromoter領域(5’領域?)に結合する転写因子と
その配列の候補は何があるか調べたいと思い,
バイオインフォマティクス関連の書籍を購入し,
そこに記載のデータベースなどで,調べようと思ったのですが,
本に書いてあるサイトにアクセスすると現在はfree softではなかったり,
また,英語で書いてあるため内容がよくわからず,結局調べることができ
ない状態です.
なので,教えて頂きたく,このフォーラムに投稿させて頂きました.

現在,CCN2の転写開始点から5'領域の約2000bpを組み込んだplasmidを
持っています(もちろん自分で作ったわけではありませんが).
この領域に結合する転写因子を調べたいと考えています.

何とぞ御教示のほど宜しくお願い致します.

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