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(無題) 削除/引用 No.2356-3 - 2010/04/12 (月) 03:26:46 - PCR初心者 回答ありがとうございます。 e-PCRの設定のAllowed STS size deviationを50から350に増やしたところヒットしました。有難うございました。

(無題) 削除/引用 No.2356-2 - 2010/04/10 (土) 14:32:37 - nnn e-PCRでの、sizeの設定は正しいでしょうか？ 未設定の場合、たしか増幅サイズが100-350 (bps)の範囲で検索されるはずです。 また、SNPなどへの対応として、ミスマッチとギャップの設定を、それぞれ２にしてみるとか。 ごくごく稀ですが、論文のReverse側のプライマーが、Reverse Complementな配列になっていなかったものを見たこともあります。 （実際にプライマーを作って実験した人が、論文をまとめる人に、遺伝子配列に手書きでプライマーの位置を矢印で表記したものを渡してしまい、誤記が生じる場合もあります。） あとは、目的遺伝子が分かっていると思いますので、その配列と比較してみてはいかがでしょうか？

過去の論文でのプライマーがe-PCRでHitしない 削除/引用 No.2356-1 - 2010/04/07 (水) 23:45:37 - PCR初心者 いつも有益な情報有難うございます。 過去の論文で結果が出ているプライマーを、product sizeを調べるためにNCBIのe-PCR（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/e-pcr/reverse.cgi　）にかけたところ、Hitがありませんでした。その論文ではマウスの組織を使用し、結果が出ているので、DatasetはMus musculus genomeとMus musculus transcriptomeを使用しました。 この場合、NCBIのDatasetが不完全と考えるべきなのか、過去の論文の結果は信用出来ないと考えるべきなのか、もしくは何か根本的な考え違いをしているのでしょうか？ お忙しいところ恐縮ですが、コメントをいただけますと有り難いです。

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