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IP->LC/MS/MS トピック削除
No.2346-TOPIC - 2010/04/06 (火) 00:09:34 - TS
いつも勉強させて頂いています。

あるタンパク質のリン酸化部位を同定するため、
細胞抽出液から、目的タンパク質を免疫沈降後、
LC/MS/MSに供しようと考えています。

しかしながら、目的タンパク質の分子量が50kDa付近であるため、
免疫沈降後、SDS-PAGEでバンドを切り出すと、
抗体のIgG-Heavy chainのノイズが入りそうな感じです。

このような場合、IgGを持ち越さない、あるいは持ち越しを極力減らす、対処法はありますでしょうか?

免疫沈降を変性条件で行いたいため、
できれば、二次元で分離するのは避けたいと考えているのですが、
お知恵を拝借できればと思います。

よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.2346-3 - 2010/04/06 (火) 01:32:47 - mm
私も同じようなことをやっているのですが、現在、His-tagged Proteinを発現させて、それをInteracting proteinとともにニッケルカラムで落としてこようとしてます。もともと、Flag-tagged proteinでM2Beadsでやっていたのですが、Large Scaleでやると無視できないほとのIgGがBeadsから外れてきます。

トピ主さんももう少し詳しい条件を書いて頂ければ、。。。

(無題) 削除/引用
No.2346-2 - 2010/04/06 (火) 00:53:03 - TK-1
IPの際に抗体をbeadsにcrosslinkして、eluteされにくくするのが常套手段かと思います。あと、もし抗peptide抗体(蛋白そのものやFlagなどのepitope tag)を使っているのであれば、抗原peptideを用いてeluteすることでIgGの持ち込みはほぼ無くすことが出来ると思います。

IP->LC/MS/MS 削除/引用
No.2346-1 - 2010/04/06 (火) 00:09:34 - TS
いつも勉強させて頂いています。

あるタンパク質のリン酸化部位を同定するため、
細胞抽出液から、目的タンパク質を免疫沈降後、
LC/MS/MSに供しようと考えています。

しかしながら、目的タンパク質の分子量が50kDa付近であるため、
免疫沈降後、SDS-PAGEでバンドを切り出すと、
抗体のIgG-Heavy chainのノイズが入りそうな感じです。

このような場合、IgGを持ち越さない、あるいは持ち越しを極力減らす、対処法はありますでしょうか?

免疫沈降を変性条件で行いたいため、
できれば、二次元で分離するのは避けたいと考えているのですが、
お知恵を拝借できればと思います。

よろしくお願いします。

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