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BACのMaxi prep.での収量について トピック削除
No.2345-TOPIC - 2010/04/05 (月) 18:35:33 - shh
大腸菌SW105を200 ml系で32 ℃で15時間培養し、Nucleobond BAC100というキットを使用して、BACを生成したのですが約10 μgと非常に収量が悪かったです。
カラムのDNA binding capacityは100 μgとあります。

そこで質問なのですが、同じキットを使ったことのある方は、どれくらい取れたか教えていただけないでしょうか。もっと取れている方はその方法を教えていただければ幸いです。
また他の会社のキットを使用したことのある方は、どれくらいの収量だったかを教えていただければ幸いです。

よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.2345-4 - 2010/04/07 (水) 13:40:42 - ~
1L振ってキアゲンのカラムで数十ug位だったので、同じくらいですね。
ただ、BAC/PACのサイズが小さいと収量が増えました。

キットが原因であるように書かれていますが、実際の菌体内のBACが少ない可能性はまだ残っているのではないでしょうか?
200 mL振ったうちの1mL位をアルカリSDS法で抽出すれば、アルカリSDS法との収率の比較が出来るでしょう。

また、そのカラムは使ったことが無いのですが、キアゲンのカラムと同様に、
各ステップの溶液を回収しておいて、各DNA濃度を測定すれば、
どの時点でロスが生じたのかが確認できるのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.2345-3 - 2010/04/07 (水) 02:35:50 - 通りすがり
 私は、400mlから始めて、同じキットで約35ugでした。とりあえず単純に、最初の量を増やしてみてはどうでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.2345-2 - 2010/04/05 (月) 18:45:55 - 細胞
カラムを使わず、2mlくらいからいつものようにminiprepしてみてください。

それだけで随分収量あがります。

BACのMaxi prep.での収量について 削除/引用
No.2345-1 - 2010/04/05 (月) 18:35:33 - shh
大腸菌SW105を200 ml系で32 ℃で15時間培養し、Nucleobond BAC100というキットを使用して、BACを生成したのですが約10 μgと非常に収量が悪かったです。
カラムのDNA binding capacityは100 μgとあります。

そこで質問なのですが、同じキットを使ったことのある方は、どれくらい取れたか教えていただけないでしょうか。もっと取れている方はその方法を教えていただければ幸いです。
また他の会社のキットを使用したことのある方は、どれくらいの収量だったかを教えていただければ幸いです。

よろしくお願いします。

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