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(無題) 削除/引用 No.2338-3 - 2010/04/04 (日) 08:01:33 - Pumpkin やはりUNIXですか。 学生の時はラボに解析用としてあったのでそれを使っていましたが、現環境ではWinしかない状態です。確かに不自由を感じてましたが、やはりそのような環境が必要ですね。アドバイスありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.2338-2 - 2010/04/04 (日) 01:19:37 - Ｔ コンピュータフォーラムの書き込みも拝見してましたが、Windows での作業には縁がないので黙っていました。 やはりバイオインフォマティクスのツールを本格的に活用しようとするなら、UNIX 環境を用意される事をお勧めします。2万×2万の blast など、何の苦労もなく実行できますよ。書かれているソフトについては何も存じませんが、出来合いのツールはうまく動けばいいですが、そうでない場合にはほとんど手のつけようがないと思います。その点、UNIX 版は本家だけあって安定性にも優れていますし、カスタマイズできる範囲も広いです。スクリプトを用いれば、更に実行できることは拡がります。網羅的解析の場合、blast 自体は簡単でも、出てきたデータを単純にスコアだけでなく様々な角度から分類・分析したりする必要も出てくるでしょう。そうなると既存のアプリを使ってできることには限界があります。Windows にも perl 等はあるようなので実行できなくはないですが、トラブルにはまると圧倒的に情報が不足すると思います。初心者であればあるほど UNIX をお勧めします。当たり前のことばかりで失礼しました。 別のアイデアとしては、クエリ1個の local blast が動いているなら、VB スクリプト（でしたっけ？）を書いて、クエリを変えつつ100回分繰り返せば、とりあえず目的は達せられるんじゃないでしょうか。全く触ったことがないので、あくまで推測ですが。

in-house BLASTサーチについて 削除/引用 No.2338-1 - 2010/04/02 (金) 17:09:17 - Pumpkin いつもお世話になります。 コンピュータフォーラムの方で同様の質問をして、一度解決にしたのですが、さらに壁にぶつかっているので再度質問させていただきます。ちなみにコンピュータフォーラムではレスポンスが低いようなので、こちらで質問させていただきます。 手持ちに異なるいくつかの種のトランスクリプトームを配列とし持っています。このトランスクリプトームの中から自分の興味ある遺伝子のホモログをBLAST検索をかけて探すことが目的です。1つ1つ投げ込んでいけば済む話なのですが、興味ある遺伝子数が100を優に超えるので、オートマティックに検索できないと労力的につらいところです。インハウスBLASTはコンピュータフォーラムでアドバイスを頂きできるようになったのですが、例えば興味ある遺伝子100をqueryにして、2万のトランスクリプトームに投げると、queryの始めの1遺伝子しか検索してくれないという問題に直面しているんです。 例えばBlast2GOというソフトウェアでは手持ちのトランスクリプトームに対してNCBIにあたって結果を1遺伝子づつ付けてくれるのですが、手持ちのデータにはあたれないのです。バイオインフォの力がないために苦戦しています。 どなたかアドバイスをください。

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