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(無題) 削除/引用 No.2324-5 - 2010/04/02 (金) 10:49:12 - ひとみ ちなみに、このほかにペプチドの抗原性を予測するサイトをご存知でしたら、教えていただきたいです。 よろしくお願いします。 いま、私が把握しているのは、 Antigenicity Plot 、 Antigenicity Prediction 、 EMBOSS Antigenic です。

一般的に 削除/引用 No.2324-4 - 2010/04/01 (木) 22:28:57 - りん３ 翻訳後修飾を受ける残基は避けることがありますね。セリンとかメチオニンとか。 手持ちの、うまくいったものとうまくいかなかったもの（ウェスタンで） を比較してみたら面白いかも。

(無題) 削除/引用 No.2324-3 - 2010/04/01 (木) 16:30:40 - ひとみ 追加でもうひとつお願いします。 抗ペプチド抗体の作成で、抗原ペプチドを設計する際に考慮するペプチドの性質として、 具体的に何が考えられますか？ 例）親水性が高いと分子表面に位置する可能性が高くなり高原性が増す。。。

(無題) 削除/引用 No.2324-2 - 2010/04/01 (木) 15:59:55 - ~ リンク先には Method Antigenic peptides are determined using the method of Kolaskar and Tongaonkar (1990). Predictions are based on a table that reflects the occurrence of amino acid residues in experimentally known segmental epitopes. Segments are only reported if the have a minimum size of 8 residues. The reported accuracy of method is about 75%. と書かれていますよね。 この情報が正しければ、 FEBS Lett. 1990 Dec 10;276(1-2):172-4. A semi-empirical method for prediction of antigenic determinants on protein antigens. Kolaskar AS, Tongaonkar PC. に書かれている設計方法で設計していて、 約75%(169個中122個)がうまくいっていたのでは？

抗ペプチド抗体−ペプチド設計 削除/引用 No.2324-1 - 2010/04/01 (木) 15:19:48 - ひとみ http://bio.dfci.harvard.edu/Tools/antigenic.pl のサイトはどのような原理で抗原性の高いペプチドを算出しているのでしょうか？ また、その精度はいかほどでなのでしょうか？？

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