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(無題) 削除/引用 No.2282-3 - 2010/03/23 (火) 00:45:03 - ぶん やってる実験の目的がよくわからないので、答えづらいのですが。 普通は増幅したい長さやGCコンテント、求めるfidelityによって使い分けると思います。 増やしたいのはどれくらいの長さですか？ 例えばTaKaRa LA Taq with GC bufferは15kbp以上に向いていて GCバッファーはその名の通りGC richなDNAやリピート配列をもつ領域を増やしたい時に使うバッファーです。 Ex Taqと同じように使う酵素ではないと思います。 また、PCRの条件を同じにしているようですが、酵素によって伸長反応の温度も好みがあります。 それぞれの酵素の使い分けはカタログに詳しく載ってると思いますので読んでみてはいかがでしょうか？

PCR酵素の使い分け，増幅度合い 削除/引用 No.2282-1 - 2010/03/22 (月) 19:12:05 - わん とあるDNA ladderにlinkerをライゲーションして，PCRする実験を行っています。 Ex Taq HSだとかなり希釈しても増幅することができましたが， TaKaRa LA Taq with GC bufferでは全く増幅されず， Prime STAR GXLでは少し増えましたが，Taq HSほどではありませんでした。 サイクルは、95℃:45sec，→(98℃:10sec，62℃:30sec, 72℃:3min）×35cycles です。マスターミックスの組成はもちろん酵素に合わせて変えています。 サイクス数が多めですが，これは，かなり希釈したサンプルを増幅したいためです。 1つ気になるのが，DNA ladderにlinkerをライゲーションする過程が うまくいってないかも、という点です。 ライゲーション後，linkerがくっついて電気泳動のバンドが上にシフトしたのは確認しています。 サンプルを一度に10本分作っているのですが． 2番目のチューブのサンプルでPCRをはじめたところ， 増えづらい傾向がみられはじめました。。。もしかしてサンプル間に差があるのかもしれません。 Ex Taq HSを使った場合でも，1番目チューブと2番目チューブでは増え方が違いました。 わかりづらい文章になってしまいましたが， linkerをligationしてPCRする実験を行っている方，PCRの酵素に詳しい方， お答え頂けると大変助かります。 よろしくお願い致します。

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