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(無題) 削除/引用 No.2247-8 - 2010/03/23 (火) 17:07:50 - MS Kanataさん お忙しいところご説明ありがとうございました！！m(_ _)m ちょっと腰いれてMACOTの勉強してみます！！ ありがとうございました！

(無題) 削除/引用 No.2247-7 - 2010/03/23 (火) 02:43:21 - Kanata お待たせしていながら、クリアな説明ではないかもしれませんが・・・。 実際に結果を拝見していないので、いくつか仮定しつつ解説してみます。 MASCOTは測定によって得られたスペクトルと、理論的に得られる（はず）のスペクトルを統計的手法によって比較するアルゴリズムです。あるMS/MSスペクトラムの得られる確率(Probabilityといいます）を求め、その逆対数から各ペプチドについてスコアを計算していますが、あくまで目安に過ぎません。すべてのスペクトルがある条件を満たした場合のみに限る、という仮定を満たしたときに成立します。（ちょっとややこしいですね） 実際の結果についてですが、（蛋白質の）スコアが違う理由として -得られたのはすべてミオシンとそのFamilyであり、これらは多少アミノ酸配列が異なる -そのため、もしも得られたペプチドが各蛋白ごとに異なるのであれば（一致するものも勿論あり）、スコアは異なる可能性が高い。ただ、この例には今回は当てはまらないのではと思います。 -１ペプチドで蛋白質を同定できるとも言われているが、実際は同定されたペプチドの数が多ければ多いほど、また得られたペプチドフラグメントの精度が高ければ高いほどスコアは高くなる -今回はこちら、各蛋白質ごとに得られたペプチドの数が違うために「蛋白質の」スコアが変わってきたのでは、と思います。 お手元の結果には、赤で示された「ランク1位」のペプチドと黒で示された「それ以外」が出ていると思います。すべてが”赤”ペプチドであれば間違いなし、なのですが、黒いペプチドが多数あると、合計ではスコアが高くなることもあります。スコアが高いといっても、精度の低い「黒」を多数含むために、実際は「正しくない」結果を導いている可能性が出てきます。（実際は黒ペプチドは除外する方も多いと思います。私は除外してスコアを出します） 以上の理由からも、得られたペプチドの精度、数からスコアが変わってくることが想像できるかと思います。恐らく、特定のペプチドのスコアが違うのではなく、蛋白質全体としてのスコアが違うのではないでしょうか。 　MASCOTのアルゴリズム、なかなか手ごわいのでこの説明で十分とは思いません（すみません）。下記に示したウェブサイトには、チュートリアルのところで実例をあげて説明していますので、そちらも参照してみてください。 http://www.matrixscience.jp/jap_manual_index.html

(無題) 削除/引用 No.2247-6 - 2010/03/17 (水) 17:29:36 - MS Kanataさん タンパク質の横のところにある数値なんです！ 今まで単純に数値が高いもの以外を排除していたんですが、これでいいのかと思ったのが始まりでして・・・不勉強で申し訳ないです！！ お時間あるときにレスしてもらえると幸いです！

(無題) 削除/引用 No.2247-5 - 2010/03/17 (水) 17:11:00 - Kanata 結果表示のセッティングが同じだとすると、 同定された蛋白質名の横にMassとScoreがあり、 それぞれのペプチドのところにもScoreがあると思います。 MSさんおっしゃるところのScoreは蛋白質の横のものと思っていたのですが、いかがでしょうか。 Mascotのアルゴリズムをどう説明できるか、ちょっと考え中です。

(無題) 削除/引用 No.2247-4 - 2010/03/17 (水) 15:59:06 - MS Kanataさん レスありがとうございます！ ちょっと詳しくないのでお答えが不十分かもしれませんが、 >解析に用いたソフトウェア：またそこで選択したデータベースは何でしょうか。 MASCOTを使用しています。 >さらに、用いた質量分析計はLC-MS/MSでしょうか、MALDI-TOF/MSでしょうか。 LC-MS/MSです。 >ちなみにALSLARというペプチド以外にMYH蛋白と同定されたペプチドはありませんでしたか？（つまり、ペプチド一つで蛋白質を同定したのでしょうか 他にもペプチドがあります。 全体の結果からscoreが算出されてくるの・・でしょうか？？

(無題) 削除/引用 No.2247-3 - 2010/03/17 (水) 15:51:03 - Kanata ちなみにリストにあがった蛋白質はすべてミオシンですね。

(無題) 削除/引用 No.2247-2 - 2010/03/17 (水) 15:46:11 - Kanata 解析に用いたソフトウェア、またそこで選択したデータベースは何でしょうか。さらに、用いた質量分析計はLC-MS/MSでしょうか、MALDI-TOF/MSでしょうか。 ちなみにALSLARというペプチド以外にMYH蛋白と同定されたペプチドはありませんでしたか？（つまり、ペプチド一つで蛋白質を同定したのでしょうか）

質量分析の結果解釈 削除/引用 No.2247-1 - 2010/03/17 (水) 15:01:26 - MS 質量分析機で「ALSLAR」というペプチドが同定されました。解析結果にはこの候補タンパク質として MYH9_HUMAN MYH11_HUMAN MYH10_HUMAN の3種類があげられてきました。これら3種とも「ALSLAR」という配列を持っています。しかしprotein scoreは72、34、21とそれぞれ異なりました。この場合、MYH9_HUMANを単純に候補タンパク質ととらえるべきか、3種すべきを候補タンパク質ととらえるべきか、教えていただけないでしょうか？？またなぜこのようにscoreが変わってくるのかも教えていただけると助かります。私の感覚では同じscoreになるべきじゃないかと・・・

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