Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

最新のフォーラム | このフォーラム | ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

大腸菌での使用頻度の少ないコドンの割合と蛋白合成の難易度 トピック削除
No.2235-TOPIC - 2010/03/15 (月) 20:39:30 - うま
ヒトやマウスの蛋白質を大腸菌で合成する際に、大腸菌とヒトやマウスで使用するコドンの違いから、合成しにくいことがあると書いてありますが、具体的にはどの位含まれていると、問題になるなど、目安はありますでしょうか?

Novagen(タカラ)のRosettaという大腸菌はそれを改善したものと記載があり、AUA, AGG, AGA, CUA, CCC, GGA, CGGなどがその例として上がっております。
実際に発現が悪いと感じているプラスミドについて調べてみると、これらのコドンが272aaのうち、128aa(47%)も含まれていました。

皆さんのお知恵をお借りしたくよろしくお願いいたします。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



3件 ( 1 〜 3 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.2235-3 - 2010/03/24 (水) 20:37:29 - うま
Rosetta購入前に「使用頻度の低いコドンがどの位の割合で含まれていると蛋白合成に影響するか」と質問をしてみましたが、単純な答えはないようです。
いぷさんのおっしゃるように試してみるしかなさそうなので、試してみたいと思います。試した結果が出ましたら、またご報告したいと思います。
どうもありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.2235-2 - 2010/03/16 (火) 21:37:08 - いぷ
以前レアコドンの使用率10%程で発現が大幅に低下した経験があります。
Rosettaやcodonplusなどの大腸菌を使うことで発現が改善したタンパク質もありましたが、改善しないものもありました。
47%は相当高いと思います。一度Rosetta等を使ってみてはいかがでしょう?

大腸菌での使用頻度の少ないコドンの割合と蛋白合成の難易度 削除/引用
No.2235-1 - 2010/03/15 (月) 20:39:30 - うま
ヒトやマウスの蛋白質を大腸菌で合成する際に、大腸菌とヒトやマウスで使用するコドンの違いから、合成しにくいことがあると書いてありますが、具体的にはどの位含まれていると、問題になるなど、目安はありますでしょうか?

Novagen(タカラ)のRosettaという大腸菌はそれを改善したものと記載があり、AUA, AGG, AGA, CUA, CCC, GGA, CGGなどがその例として上がっております。
実際に発現が悪いと感じているプラスミドについて調べてみると、これらのコドンが272aaのうち、128aa(47%)も含まれていました。

皆さんのお知恵をお借りしたくよろしくお願いいたします。

3件 ( 1 〜 3 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を