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Image Jで細胞のサイズを測定したい トピック削除
No.2189-TOPIC - 2010/03/08 (月) 09:59:26 - sammy
浮遊系細胞の細胞のサイズを測定したいのです。Image Jで測定したいです。

細胞は球形ですので、見た目はほぼ丸です。

解析の手法を教えていただけないでしょうか。よろしくお願いいたします。
 
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中の塗りつぶし 削除/引用
No.2189-7 - 2010/03/09 (火) 11:35:23 - sammy
塗りつぶす方法が分かりました。

Analyze Particleをしてから表示された画像に対して
Process>Binary>Fill Holesして
改めてAnalyze Particlesすれば完璧です。

Circularity 削除/引用
No.2189-6 - 2010/03/09 (火) 11:08:37 - sammy
先ほどCircularityは変えないと書きましたが、例えば二つの細胞が近接しているような場合、
つまり数字の8のような形になっている際には、それはデータとして除外するべきですので、
Circularityの設定は0.5-1.0くらいにしたほうが良さそうです。

今現在で困っていることはAnalyze Particleをした際に、選択された細胞の画像が
作られるのですが、細胞によっては中に小さな穴があるように見えるものが
あることです。

細胞の中を完全に塗りつぶしたようになると、より正確なのですが、なんとかならないでしょうか。

解決 解決済み 削除/引用
No.2189-5 - 2010/03/09 (火) 10:44:38 - sammy
解決しました。以下にプロトコールを示します。

1 ImageJ起動
2 File>Openで画像を開く
3 Image>Type>8-bit
4 Image/Adjust/Threshould
5 Apply(微調整が必要かも知れないが、完璧は無理)
6 Analyze/ Analyze Particles (Sizeはデフォルトで1-無限大になっているので例えば100-500などに設定を変更。Display ResultsとClear Resultsにチェック。ShowはMasksがよいと思います。Circularityは変えない。)

これで結果が表示されます。みなさまありがとうございました。

ありがとうございます 削除/引用
No.2189-4 - 2010/03/09 (火) 08:52:27 - sammy
情報ありがとうございます。確認してみます。

早々のコメント誠にありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.2189-3 - 2010/03/08 (月) 20:53:39 - sin
琉球大学のテキストのようですが、こんなのがWeb上にありました。
www.geocities.jp/solenogyne/kisojikken-text2009area.pdf
私の扱っている細胞は不定形なので、この方法で面積を割り出しています。
細胞が球形なのであれば、4で「Set Measurements」の代わりに「Particle Analysis」を選択すればよいかと思われます。
ソフトの詳細に関しては以下のサイトが日本語で詳しく解説しています。
http://www.hm6.aitai.ne.jp/~maxcat/ImageJ.html

(無題) 削除/引用
No.2189-2 - 2010/03/08 (月) 12:11:40 - T
Particle Analysis を使います。

Image Jで細胞のサイズを測定したい 削除/引用
No.2189-1 - 2010/03/08 (月) 09:59:26 - sammy
浮遊系細胞の細胞のサイズを測定したいのです。Image Jで測定したいです。

細胞は球形ですので、見た目はほぼ丸です。

解析の手法を教えていただけないでしょうか。よろしくお願いいたします。

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