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SDS-PAGE バンドのゆがみ トピック削除
No.2179-TOPIC - 2010/03/06 (土) 20:56:13 - pepe
いつもお世話になっております。

タンパク質のSDS-PAGEを行っているのですが、ゲルをCBB染色し、
泳動結果を確認したところ、バンドがひどくゆがんでしまいます。
泳動サンプルだけでなく、分子量マーカーもゆがみます。
スマイリングとは異なり、バンド全体が波打ってしまいます。
バンドの両端に限らず中央部でも同結果となります。

泳動は、低温(4度)下にて定電圧200Vの条件で行っています。
ゲルは自作しており、濃縮、分離ゲルともに最低30分ずつは室温下にて
固めて作製しています。

定電圧を下げて行うことやゲル作製条件の検討を考えておりますが、
これまで何度も同条件でSDS-PAGEを行い、上手くできていたので、
なぜ急にこのような現象になってしまったのか分かりません。

同様のご経験のある方等、どうかご教授お願いします。
よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.2179-6 - 2010/03/07 (日) 16:49:43 - ~
>濃縮、分離ゲルともに最低30分ずつは室温下にて固めて作製しています。
短めだと思いますが、何か理由があるのでしょうか?
一晩置いても変わらないのでしょうか?

>これまで何度も同条件でSDS-PAGEを行い、上手くできていたので
これまでと同じ条件だというのであれば、試薬の劣化などが疑わしいと思います。
まずは、全ての試薬を作り直してはいかがでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.2179-5 - 2010/03/07 (日) 15:17:43 - c
ストックしてるbuffer類など試薬はどうですか?最近作りかえたとか、新しく購入したとか、何か思い当たる点はありませんか。アクリアミドもチェックした方がいいとおもいます。(SDSのかなり古いやつをつかったとき泳動パタンが変な風になったことあります。)それとガラス板もスポンジでよく洗いましょう。

SDS-PAGEをとっとと終わらせたいときなどに、電流値を少しばかりあげる事あります(私はCCでやってます)。そういうときはゲル板があったかくなりますが、そんなときでも意外に泳動パタンはきれいです。もちろん物事には加減がありますが。特に理由がなければ室温でのrunning bufferによる自然な冷却で十分とおもいます。急ぎなら当座は既製ゲルで済ますのもいいとおもいます。

(無題) 削除/引用
No.2179-4 - 2010/03/07 (日) 10:05:36 - qq
こんなページがあります。参考になるでしょうか?
http://www.ruf.rice.edu/~bioslabs/studies/sds-page/sdsgoofs.html

ところで、4度でSDS-PAGEだとSDSの溶解度に影響しないのでしょうかねぇ。温度は適当に高い(室温程度)方が良いような気がしますが、あなたの場合、何か特別な理由で4度であることが重要なにですね。
いつもは良かったのに悪くなったとのことですが、低温室の風の当たり方で、予想外に温度が変わってしまうようなな事はないでしょうか。
クロロフィル複合体をリチウムドデシル硫酸で電気泳動するときに、4度で泳動するのを聞いたような(そうでなかったような?)覚えがありますが、SDSでも4度で泳動することがあるのでしょうか?

SDS-PAGE バンドのゆがみ 削除/引用
No.2179-1 - 2010/03/06 (土) 20:56:13 - pepe
いつもお世話になっております。

タンパク質のSDS-PAGEを行っているのですが、ゲルをCBB染色し、
泳動結果を確認したところ、バンドがひどくゆがんでしまいます。
泳動サンプルだけでなく、分子量マーカーもゆがみます。
スマイリングとは異なり、バンド全体が波打ってしまいます。
バンドの両端に限らず中央部でも同結果となります。

泳動は、低温(4度)下にて定電圧200Vの条件で行っています。
ゲルは自作しており、濃縮、分離ゲルともに最低30分ずつは室温下にて
固めて作製しています。

定電圧を下げて行うことやゲル作製条件の検討を考えておりますが、
これまで何度も同条件でSDS-PAGEを行い、上手くできていたので、
なぜ急にこのような現象になってしまったのか分かりません。

同様のご経験のある方等、どうかご教授お願いします。
よろしくお願いいたします。

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