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(無題) 削除/引用 No.2158-5 - 2010/03/04 (木) 18:21:26 - かけだし ザンギさん、ご返答ありがとうございます。 ザンギさんのお返事を参考に調べてみましたら、 ゲノムDNAの断片化には超音波や剪断によって物理的に細かくするとの 説明を多く見つけることができましたので、これで納得することにしました。 バイオの世界では当たり前のような質問に 丁寧にお答え頂きましてありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2158-4 - 2010/03/03 (水) 11:38:35 - ザンギ これから勉強されるかもしれませんが、物理的に断片化したゲノムDNAなどを ベクターにライゲーションしようとすると、末端を平滑化しないと効率が悪い と言われています。つまり、酵素などの作用によって断片化されているわけで はないと認識されています。

(無題) 削除/引用 No.2158-3 - 2010/03/02 (火) 21:13:15 - かけだし ザンギさん、早速のご回答ありがとうございます。 やはり高分子化合物のDNAが物理的な力（剪断力？）で 切れるというのが定説のようなのですかね。 リン酸ジエステル結合はとても強そうなので、ボルテックスでゲノムDNAの リン酸エステル結合が切れるとしたら物理的な力ではなく、 コンタミのDNA分解酵素や脱プリン化による加水分解のような 何らかの酵素・化学反応によるものではと思って調べてみたのですが、 そのような情報は得られませんでした。 ご回答ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.2158-2 - 2010/03/02 (火) 17:39:51 - ザンギ 高分子化合物が物理的な剪断力で断片化されうるというのはOKでしょうか？ ゲノムDNAは長さが数ｃｍ〜のリン酸エステルのリニアなポリマーですから、 物理的剪断力で断片化されるんだと想像しています。

ゲノムDNAがボルテックスにより断片化するメカニズム 削除/引用 No.2158-1 - 2010/03/02 (火) 17:17:55 - かけだし 化学を専門としてます。 このようなど素人の質問をこちらでしてもよいのか疑問もありますが、 ご教授して頂けたらと思います。 最近、市販キットを使ってゲノムDNAを取っています。 キットプロトコール等にはゲノムDNAが断片化するので、 激しくボルテックスするなと書いてあります。 通常、安定と言われるDNAがボルテックスごときで 断片化するということが信じられません。 実際にボルテックスの有無で比較してみたら分かることなのですが、 そのメカニズムを教えて頂けないでしょうか？ ゲノム同士が絡まって切れるとの説明もあるようですが、 にわかに信じられません。 大変申し訳ございませんが、宜しくお願い致します。

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