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ImageJのColor解析の質問 トピック削除
No.2141-TOPIC - 2010/02/25 (木) 13:12:57 - さすらい人
今まで腎組織の解析をMacScopeVer2.67で
解析をしていたのですが自分のパソコンで解析をしたく先日Image-J1.42qを画像解析テキスト3版を参考にインストールしました。

ここで質問です。以前は病変部位と同じ部分をcolor pickerを用いて色抽出(RGBのスパイクが一度にあらわれ、3色の範囲をそれぞれ調節し指定)をして病変と同じ色調をペーストし病変部位の測定していたのですがJ-imageで同じことができるプラグインはあるのでしょうか。それとも画像をRGBに一旦分解し、それぞれひとつずつにする方法があるでしょうか。

(例B=100-150,R=100-150,G=100-150の3つの条件をみたす部位の特定の仕方、B=100-150のみはやりかたはわかります)色解析についてご教示おねがいします。
 
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解決しました 解決済み 削除/引用
No.2141-7 - 2010/03/02 (火) 10:47:23 - さすらい人
ありがとうございます。
解決しました。また余裕ができ習熟したらマクロについて勉強したいとおもいます。先生のおかげで2年近く止まっていた実験がうごきます。
本当にありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.2141-6 - 2010/03/01 (月) 20:45:42 - T
フリーハンドでボウマン嚢を囲む → Measure(Area にボウマン嚢の面積が入る) → Clear Outside → そのまま Threshold Colour で病変部位を選択(Threshold, Invert をチェックしておけば、病変部位が白、その他が黒の画像になるはず)→ Measure → Integrated Density を 255 で割れば病変部位の面積が出る ではいかがですか?

最後の Measure は No.1544 の手順でもいいでしょう。
マクロを書けば、以上の手順をある程度自動化できるかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.2141-5 - 2010/03/01 (月) 17:15:02 - さすらい人
ありがとうございます。
組織画像全体の線維化(マッソントリクロム染色の青染部位)の面積測定と画像全体との割合はNo.1544の方法で計測できました。
選択したボーマン嚢内の糸球体硬化像の割合を計測したいのですが、自分で思いつくかぎりでは
1.freehand selectionでボウマン嚢を囲みEDIT→DRAW→Clear Outside後8bit,thresholdで処理した後選択したボウマン嚢の面積を測定する

2.同じようにfreehand selectionでボウマン嚢を囲みEDIT→Clear Outside後threshold colorで病変部位を特定し、8bit,thresholdで処理した後選択した病変部位の面積を測定する。

3.1と2の結果から手計算で割合をもとめる

以上ですがfreehand selectionはthreshold colorやthresholdにすると消えてしまい、また一度に2つの面積をもとめられないので上記の方法しか現在じぶんでは思いつきません。freehand selectionを2度しなくてはならないので再現性に不安を感じます。
もっと確実で効率の良い方法があれば御教示いただければ幸いです。

(無題) 削除/引用
No.2141-4 - 2010/03/01 (月) 10:50:06 - T
http://www.kenkyuu.net/cgi-biotech2/biotechforum.cgi?mode=view;Code=1544
他にも幾つもの過去スレがあるので、ご参照ください。

(無題) 削除/引用
No.2141-3 - 2010/03/01 (月) 10:19:08 - さすらい人
ありがとうございます。
MacScopeとおなじようなことができそうです。
もうひとつ質問があります。囲った範囲内の病変部位の面積や割合を測定する方法がわからないのですが御教示いただければ幸いです。

(無題) 削除/引用
No.2141-2 - 2010/02/25 (木) 16:06:23 - T
Threshold_Colour Plugin が使えます。
http://www.dentistry.bham.ac.uk/landinig/software/software.html

ImageJのColor解析の質問 削除/引用
No.2141-1 - 2010/02/25 (木) 13:12:57 - さすらい人
今まで腎組織の解析をMacScopeVer2.67で
解析をしていたのですが自分のパソコンで解析をしたく先日Image-J1.42qを画像解析テキスト3版を参考にインストールしました。

ここで質問です。以前は病変部位と同じ部分をcolor pickerを用いて色抽出(RGBのスパイクが一度にあらわれ、3色の範囲をそれぞれ調節し指定)をして病変と同じ色調をペーストし病変部位の測定していたのですがJ-imageで同じことができるプラグインはあるのでしょうか。それとも画像をRGBに一旦分解し、それぞれひとつずつにする方法があるでしょうか。

(例B=100-150,R=100-150,G=100-150の3つの条件をみたす部位の特定の仕方、B=100-150のみはやりかたはわかります)色解析についてご教示おねがいします。

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