全8件 ( 1 〜 8 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.2128-8 - 2010/02/25 (木) 07:15:57 - ゲノム初心者 >ACさん 遺伝的距離という発想は面白いですね。 少し勉強した感じでは、二つの遺伝子の遺伝的距離の具体的な計算はかなり複雑という印象を受けました。バイオインフォマティクスなどの専門的な知識が必要ですかね。 ただ、いろんな人の意見を総合してみたのですが、D-number自体はAPさんのおっしゃるように単なる通し番号のような気がしています。登録順か何かでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.2128-7 - 2010/02/24 (水) 19:13:09 - AC こんにちは。 >遺伝的距離のことはあまり詳しくないので、教えてください。 非遺伝領域にも遺伝的距離という概念はあるのでしょうか？ http://wapedia.mobi/ja/%E9%81%BA%E4%BC%9D%E7%9A%84%E7%B5%84%E6%8F%9B%E3%81%88 とか http://www.genstat.net/kisocont.htm が参考になるかもしれません。マイクロサテライトなどのDNAマーカーで遺伝地図は描けると思うので「概念がある」といって差し支えないかなと思います。昔は、1cMが大体物理的距離だと1Mbだと言ってましたね。

(無題) 削除/引用 No.2128-6 - 2010/02/24 (水) 15:37:12 - ゲノム初心者 >APさん リンクありがとうございます。 GDBが自動的に数字を割り当てているのでしたか。 数字がランダムなので変な感じがしてましたが、結論としては特に数字に意味はないってことですね。 ところで、GDBは2008年に閉鎖されたようですね。 http://en.wikipedia.org/wiki/GDB_Human_Genome_Database 今後のD-numberの管理はどうなるのやら。 現時点で存在するすべてのマイクロサテライトに番号ついていると想定されてるのかもしれないですね。

(無題) 削除/引用 No.2128-5 - 2010/02/24 (水) 08:41:37 - AP ヒトゲノムの話でしたか。 先の検索語にhumanを加えると、ヒト遺伝子の命名を標準化しているHUGOのドキュメントがみつかります。 ttp://www.genenames.org/guidelines.html これのAppenixのあたりを見てください。 Sはユニーク配列（ゲノム中に1コピー）ということのようです。

(無題) 削除/引用 No.2128-4 - 2010/02/24 (水) 02:20:17 - ゲノム初心者 >ACさん 遺伝的距離のことはあまり詳しくないので、教えてください。 非遺伝領域にも遺伝的距離という概念はあるのでしょうか？ マイクロサテライトは遺伝子内部にも非遺伝領域にも存在していますが、 ゲノムの個人差を見る場合は、特に非遺伝領域のものが重要です。 >ACさん コメントありがとうございます。 2.8.1 Mapped DNA Segmentsのあたり読んでみました。 確かに記載方法にある一定のルールがあって、Kurt Stern, Bar-Ilan UniversityのラボコードがSになっています。 以下は犯罪捜査などで使われるマイクロサテライトのリストです。 http://www.cstl.nist.gov/div831/strbase/str_fact.htm ここを見ると、不思議なことに、D染色体名LabcodeXXXXの形式で書かれてるマイクロサテライトのラボコードがすべてSなんですよね。 Kurt Stern, Bar-Ilan Universityがそんなに有名なラボという感じがしないのですが、 S=Kurt Stern, Bar-Ilan Universityなんでしょうか。 あまり自信はないのですが、単にsegmentという意味のSなのかなあなんて思ったりしてます。 ゲノム専門家の御意見をいただけると嬉しいです。

(無題) 削除/引用 No.2128-3 - 2010/02/23 (火) 17:30:21 - AP genetic marker nomenclatureてな感じでググるとこういうドキュメントがみつかります。 ttp://www.informatics.jax.org/mgihome/nomen/gene.shtml 和訳版 ttp://www.brc.riken.go.jp/lab/animal/nomen/gene2.html これの2.8.1 Mapped DNA Segmentsのあたりを読んでください。 ざっと読んだところによると、 Sは研究施設コード（Kurt Stern, Bar-Ilan Universityか） ttp://dels.nas.edu/ilar_n/ilarhome/search_lc.php 番号はただのID番号（通し番号）のようです。

(無題) 削除/引用 No.2128-2 - 2010/02/23 (火) 16:44:23 - AC こんにちは。調べていないので全くの想像ですが、物理的距離ではなく組みかえ率からの遺伝的距離とか。

DNAマーカーの数字の意味 削除/引用 No.2128-1 - 2010/02/23 (火) 08:02:54 - ゲノム初心者 マイクロサテライト、STS(sequnece tagged sites)などのDNAマーカーの配列情報にはD7S1804とかD7S2437のような特定の番号が振られています。 例えば、D7S1804ならD7は第七染色体上の配列ということを意味していますが、後半の数字S1804に何か特別な意味はあるのでしょうか？ 染色体のMapviewerで確認した感じでは、物理的な位置関係を示してるようではなさそうです。 初めて配列を確認した人が好き勝手に番号を振るのでしょうか？ 知らなくても特に困らないのですが、なんとなく気になります。 もし知っている人がいたら、教えてください。

全8件 ( 1 〜 8 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

---