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細胞周期解析について
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No.2100-TOPIC - 2010/02/16 (火) 13:50:33 -
トンビ ガタカヲウンダ
フローサイトメトリで分析したDNA量(DAPI)- 細胞数のヒストグラムは紙であるのですが,それをコンピュータに取り込んで細胞周期解析(各期の割合)を行うことはできないでしょうか?
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できそうな気がしてきました
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No.2100-7 - 2010/02/16 (火) 17:13:12 -
トンビ ガタカヲウンダ
toyo様,mom-a様,
ありがとうございました。
問題なくできそうです。本当に感謝しております!
(無題)
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No.2100-6 - 2010/02/16 (火) 17:02:21 -
toyo
先程示した論文には2つの方法が載っていますが、
まずはBarlogieらの方法(図1左)を試せば良いのではないでしょうか。
私自身がEXCELで試すことを想定して、簡単に説明すると、
0. DNA量と頻度の表を取得する。
1. 頻度について差分(微分)を計算する。
2. 差分の正負が逆転する点を見つけてピークとする。
(G1集団とG2M集団でひとつずつあるはずです。)
3. G1集団のピークよりDNA量が少ない部分の頻度を足し合わせ、
2倍してG1集団の細胞数とする。
4. G2M集団のピークよりDNA量が多い部分の頻度を足し合わせ、
2倍してG2M集団の細胞数とする。
5. 全体の細胞数からG1集団とG2M集団の細胞数を引いて、
S集団の細胞数とする。
簡易的な方法のようですので、誤差が大きくなってしまうなど、
目的によってはあまり適さないかもしれません。。。
どの程度正確な値が欲しいのかによりますが
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No.2100-5 - 2010/02/16 (火) 16:49:57 - mom-a
雑なやり方かもしれませんが、グラフを画像として取り込んで面積を測定するという方法も場合によっては使えるかもしれません。
画面上で面積を測定する方法としては、他のトピックで出ていたことがありましたよね。
ヒストグラムのG1, S, G2+Mへの分割はtoyoさんがステップ2で上げていられる論文の中のBarlogieの方法ならできるのでは?
まぁ、より正確な方法を紹介している論文中の、古いやり方の方を採用してしまうことになりますので、ベストの方法とはいえませんが。
ありがとうございました。
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No.2100-4 - 2010/02/16 (火) 15:48:19 -
トンビ ガタカヲウンダ
toyo様,
ありがとうございました。
紙のグラフから数値データへの変換は早速実施します。
また,ステップ2:数値データから細胞周期の各期の割合を求める方法は,論文に目を通しましたが自分でできる自信が全くありません...
(無題)
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No.2100-3 - 2010/02/16 (火) 15:23:48 -
toyo
ステップ1:紙のグラフから数値データへの変換
http://thinkbasis.net/jp/main_news.0.html?&tx_ttnews
[tt_news]=46
ステップ2:数値データから細胞周期の各期の割合を求める方法
http://ci.nii.ac.jp/naid/110006198445
上記の参考文献などを参照すれば可能だと思いますがいかがでしょうか。
なお、いずれのステップについても私自身は使ったことがないですし、
もっと良い方法があるかもしれません。
細胞周期解析について
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No.2100-1 - 2010/02/16 (火) 13:50:33 -
トンビ ガタカヲウンダ
フローサイトメトリで分析したDNA量(DAPI)- 細胞数のヒストグラムは紙であるのですが,それをコンピュータに取り込んで細胞周期解析(各期の割合)を行うことはできないでしょうか?
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